萨尔瓦多的南部和西南部临北太平洋，西北部和危地马拉接壤，东北部和洪都拉斯接壤。萨尔瓦多是中美洲面积最小的国家，也是中美洲唯一没有加勒比海海岸线的国家，其国土面积和以色列或美国新泽西州、佛蒙特州相当。和中美洲其他地区类似，萨尔瓦多是地球上地震及火山活动最活跃的地区。萨尔瓦多首都圣萨尔瓦多在1756年和1854年被地震摧毁，并在1919年、1982年和1986年的地震中严重受损。萨尔瓦多有20多座火山，近年比较活跃的有圣米格尔火山和伊萨克火山，其中伊萨克火山更有“太平洋灯塔”之称。
萨尔瓦多自北至南主要有两个山脉。北部的恰帕斯马德雷山脉构成萨尔瓦多和洪都拉斯的国界线。该地区曾是茂密的森林，但现在已因过度开发而变得荒芜，并成为萨尔瓦多人口最稀少的地区。萨尔瓦多南部山脉和恰帕斯马德雷山脉之间是高原地形。虽然该地区仅占萨尔瓦多面积的四分之一，但是也是萨尔瓦多人口密度最高的地区。沿海地区以平原地形为主。
萨尔瓦多属于热带气候，有明显的旱季和雨季变化，温度主要随标高变化。太平洋沿岸低低气候湿热，高原及山区的气候相对温和。
