巡检司，常简称为巡司是古中国五代后唐庄宗开始的一种官署，两宋与金朝普及，在元明清时代为县级衙门底下的基层组织。配置于巡检司的官员称巡检，官位等级并不高：以清朝例，只是九品官。
元朝的巡检司通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官，其功能性以军事为主。
明朝的巡检司又分为文武官管辖两种，如洪武廿年为防范倭寇即在福建设置五卫十二所四十二巡检司。府州县巡检司亦设有巡检司，归地方官管辖，但其设置、裁撤、考核皆由兵部掌管。
清朝沿用明制，不过佐以行政权力。晚清，中国人口大增，县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有通判等官职设置，如澎湖文澳巡检司。
