萨拉曼卡学派（西班牙语：Escuela de Salamanca）是一个在文艺复兴时期由西班牙神学家们所发展集合而成的学术流派，以神学家弗朗西斯科·维多利亚（Francisco de Vitoria）等人的著作为主要根基。自从16世纪初期开始，随着世俗人文主义、宗教改革、和地理大发现的出现，传统天主教教会所一贯抱持的世界观、以及有关人类和上帝启示的概念逐渐受到挑战。萨拉曼卡学派便是为了解决这些问题而形成的。学派的名子来源于萨拉曼卡大学，维多利亚等人都在此大学任教。
包括弗朗西斯科·维多利亚、多明戈·索托（Domingo de Soto）、弗朗西斯科·苏亚雷斯（Francisco Suárez）等自然法和伦理学的学者，建构了一个以神学和法学为基础的学派，试图将托马斯·阿奎纳（Thomas Aquinas）的学说与新出现的经济秩序相融合。学派研究的重点在于人类以及个人所面临的实际问题（道德、经济学、法律学等等），但学派内部在不同议题上也经常产生分歧，有时则导致相当激烈的争议。
依据时间先后，萨拉曼卡学派又可以被分为两个主要流派，萨拉曼卡派（Salmanticenses）以及科英布拉派（Conimbricenses），萨拉曼卡派开始于弗朗西斯科·维多利亚（1483–1546），并且在多明戈·索托（1494–1560）时达到最高峰。科英布拉派则是源于耶稣会信徒，当时耶稣会已经逐渐取代道明会成为天主教的主流修道会。来自耶稣会的成员包括了路易斯·摩里纳（Luis Molina，1535–1600）、弗朗西斯科·苏亚雷斯（1548–1617）、以及吉欧瓦尼·波特罗（Giovanni Botero）。科英布拉派的名称是来自于葡萄牙的科英布拉大学。
萨拉曼卡学派提出的司法原则划时代的以自由作为理论根基，这也象征了欧洲中世纪司法概念的终结。学派主张的人的自然权利包括了肉体的权利（生命的权利、经济的权利—例如拥有财产的权利）和精神上的权利（思想自由的权利以及人类尊严）。
萨拉曼卡学派重新阐述了自然法的概念：法律源自于自然本身，所有存在于自然秩序中的事物都有这样的法则。依据这个概念，所得到的明显结论是：所有人类都拥有共同的本质，他们也都拥有共同的权利，例如自由的权利。这个结论直接驳斥了当时西班牙和欧洲盛行的一种概念—亦即美洲原住民是不成熟的或较低下的人种。萨拉曼卡学派因此承认了他们的权利，例如免于被迫改变信仰的权利、拥有他们土地的权利，这在当时的欧洲都是相当新奇的概念。
由于人类都活在社会里，而非自行孤立生存，自然法也并不只限于个人。也因此，正义是社会中所实现的自然法。对于神学家Gabriel Vázquez（1549–1604）而言，自然法代表了一种依据正义采取行动的义务。
萨拉曼卡学派区分了两种权力的领域：自然的或人间的领域、以及超自然的领域，中世纪时超自然领域经常被用以作为君权神授说和教皇统治权力等理论的依据。萨拉曼卡学派区分两种领域的直接结果，便是使得君王或皇帝不再具有统治灵魂的合法性，教皇也不再具有合法的世俗权力。伴随这种概念而来的还包括了主张政府的合法权力有其一定限制。也因此，依据路易斯·摩里纳的说法，一个国家就仿佛一个商业社会一般（就好像现代的公司），那些统治者也是权力的掌握者（有效的主权），这种权力是由全体人民结合而成的，统治者自身也包括在内。然而，在摩里纳来看，社会统治个人的权力是远远高过公司统治其成员的权力的，因为一个国家的政府的权力是神所授予的，而不是仅仅是个人在进行商业往来时控制自身主权的权力。
在这个时期，英格兰的君主专制政体扩展了君权神授说的理论，这种理论主张君王拥有神授的独特统治权威，并宣称人民们应该听从君王的命令，否则便是违逆了神的旨意。为了驳斥这种说法，萨拉曼卡学派的成员主张“人民”本身是神授主权的媒介，只是在各种不同情况下，权力才流到了君王手中。在这方面进行最多研究的是弗朗西斯科·苏亚雷斯，他在（替天主教信仰辩护兼驳斥1613年圣公宗派之谬误）中强烈的替人民主权辩护。依据他的说法，人出生以来便是自由的，不属于其他人的奴隶，并且可以在一定情况下违抗甚至推翻一个不正义的政府。然而依据摩里纳的说法，他认为政治权力并不附属于任何人身上，他主张这种权力是授予给人民“全体”，而不是单独的个人主权以及所有个人的结合，这也类似于后来让-雅克·卢梭提出的人民主权理论，将人民们视为是一个结合了的集体，而这种集体的地位要高过全部个人相加起来的整合。
对苏亚雷斯而言，社会的政治权力在本质上是源于契约的，因为社会共同体是由各种自由意志所集合而成的共识。而这种社会契约理论所得出的结论便是政府的本质形式必须是民主的，而寡头政治或是君主专制都只被视为是第二流的制度，在后两种制度中，统治者的统治根据仅在于宣称他们是由人民所挑选出的（或至少是经过他们同意的）。
弗朗西斯科·维多利亚或许是第一名提出了（人民的权利）理论的人，也因此是奠基现代人权概念的重要人物之一。他将社会的合法主权的理论进一步推展至国际层次，总结认为这个层次的统治者也必须要尊重并且对向全体成员的权利负起责任。世界的公共利益在层次上要优于每个国家各自的利益，这也表示了国与国之间的关系不能用武力来正当化，而是必须以法律与正义作依据。弗朗西斯科·维多利亚也因此提出了国际法的概念。
弗朗西斯科·维多利亚也将的概念进行分类，他区分了与之间的差异。就相当于现代的国际法，并且有时可以套用至大多数国家（虽然属于一种实体法而非自然法，它也不一定是普世的）。而就相当于民法，在各个国家都是独特的。
由于战争是人类在世上最严重的罪恶之一，萨拉曼卡学派的成员总结认为只有在为了避免甚至“更为”邪恶的事物产生时才有理由发动战争。为了避免战争，外交的手段是较为理想的解决方式，即使是较为强大的国家亦然。萨拉曼卡学派所提出的“正义战争”例子包括了：
而一场战争的正当与否并不只是基于战争的动机而已，还必须符合一系列的必要条件：
在这些原则下，扩张主义的战争、掠夺的战争、为了改变异教徒信仰而发动的宗教战争、或是纯粹为了追求荣耀而发动的战争，在本质上全都是不正义的。
萨拉曼卡学派所处的时期正是殖民主义开始的时代，西班牙是所有欧洲国家中唯一有知识分子团体公开质疑征服的合法性、而非将其正当化的国家。
弗朗西斯科·维多利亚首先开始批评那些“不正当的头衔”。他是第一个敢于质疑亚历山大六世所颁布的教皇诏书（被称为“捐赠诏书”）中赠送的各种头衔并不足以正当化占有新发现的土地的人。他否认了教皇的至上地位和权威（因为依据他的说法，教皇在世俗世界并没什么权力），也否认教皇有权宣称转换美洲原住民的宗教信仰。维多利亚认为美洲原住民不该被视为宗教的罪人或是在智力上差人一截，主张他们生来都是自由的人，也都有拥有财产的正当权利。而那些到达美州的西班牙人并没有资格强占他们的土地，也没有资格宣称自己是他们的主人。
维多利亚也研究依据教皇所赠与的头衔宣称占有新发现土地是否正当。他提出了八种正当占有土地的头衔，第一种、也是最重要的一种是来自于人与人之间的“共同交流“--组织关系和社会关系网络，如此人们就可以一起组成了一个“共同的社会“。是每个人类在地球上四处旅行或进行贸易的权利，而无须受到来自特定领域的统治者或宗教的阻挠。对他而言，如果新大陆的"印第安人"不允许“被旅行“，那么他们之中的反对党就有权利进行自卫战争，以保卫他们“在自己的土地上"有“被旅行“的权利。
第二种占有新发现土地的合法头衔也是来自于人权和正义战争的理论。印第安人有权拒绝改变宗教信仰，但他们不能阻挠西班牙人前来布道的权利，这种权利也类似于上述第一种“被旅行“的权利。然而，维多利亚注意到虽然这第二种权利可以被西班牙人用作为发动正义战争的理据，但是这样的战争也不一定是必要的，因为战争可能导致更多死亡和毁灭，所以类似前述的“由反对党争取自身权利"的例子更多应被考虑。
其他需要类似解决方案的情形有：
这一系列“正当”和“不正当”的理论并不被当时西班牙的统治者—查理五世皇帝所认可，皇帝认为这会导致西班牙在新大陆并无特权可言，他试图阻止这些知识分子传播这种理论，但从未获得成功。
约瑟夫·熊彼得在1954年出版的《经济分析史》一书重新燃起了人们对于萨拉曼卡学派经济学理论的兴趣。虽然熊彼得并没有将萨拉曼卡学派视为一个经济学派，但他的确促长了学派在现代经济学界的知名度。熊彼得着手研究了经院哲学的理论，尤其是在西班牙的经院哲学，并赞美16世纪当时的西班牙便已达成如此高层次的经济学成就。他主张萨拉曼卡学派应该被视为是现代经济学学科的奠基者。学派并没有提出非常完整的经济学体系，但他们建立了第一套现代的经济学研究架构，试图以此解释在中世纪末期出现的新经济秩序。不幸的是，萨拉曼卡学派的研究在那之后直到17世纪晚期为止都没有被持续进行，许多他们提出的贡献都被遗忘了，只有在现代才被重新发现。
虽然相差了数百年、两者间也没有明显的连结，萨拉曼卡学派提出的经济思想在很多方面都非常类似于现代的奥地利经济学派，穆瑞·罗斯巴德还将萨拉曼卡学派称为“古奥地利学派”。
在1517年，一名来自安特卫普的商人向弗朗西斯科·维多利亚询问进行商业贸易赚取个人财富是否具有道德正当性，从今天的观点来看，这名商人提出的正是“企业家精神”是否正当的问题。维多利亚和其他神学家为此展开了经济研究，他们抛弃了许多他们认为过时了的观点，采纳根基于自然法原则上的新观点。
依据这些新观点，世界的自然秩序是根基于各种人们、产品、和观念的“自由循环”上，这种循环人们得以了解彼此、并且增进彼此的情感。这表示了商业贸易不但不该被谴责，反而是增进公共利益的有效方式。
萨拉曼卡学派的成员都同意私人财产在刺激经济上有正面的影响，这些经济活动也进一步促进了人类整体的福利。Diego de Covarrubias y Leiva（1512–1577）认为人们不但有权利拥有他们自己的财产，也有权利独占他们财产所带来的利益，尽管社会也可能因此得利，这种概念在当时是相当罕见的。不过，在一些特殊的紧急情况下，产品也是可以变成公共所有。
路易斯·摩里纳则主张让个人拥有财产会比由公共所有更能有效的运用财产。
在价值的理论上，马丁·阿斯皮利奎塔（Martín de Azpilcueta）以及路易斯·摩里纳发展出了萨拉曼卡学派里最完整的一套价值理论。阿斯皮利奎塔对于来自美洲新大陆的贵金属的影响相当感兴趣，他研究发现在那些贵金属相当稀有的国家，贵金属的价格通常高于在其他贵金属较为常见的国家。也因此，贵金属就有如其他任何货物一般，其价值至少有一大部分是来自于他们的稀有性。这种稀有价值理论成为了第一套以数量解释货币价值的理论。
在萨拉曼卡学派的时期，主流的价值理论一直是自中世纪留传下来的生产成本价值理论（也类似于现代的劳动价值理论），亦即生产中消耗的成本是决定价值的唯一因素，也因此产品的价格必须与生产成本保持一致才是“正义价格”。Diego de Covarrubias和路易斯·摩里纳为此发展出了相反的主观价值理论，主张一件产品的有用与否会因为不同的人而改变，因此只有在自由贸易下双方自愿达成的买卖才属于正义价格，除了被垄断、诈骗、或政府干预所影响的情况例外。以今天的观点来看，萨拉曼卡学派是自由市场理念的捍卫者，提出了价格是由供给和需求而非成本所决定的概念。
Luis Saravia de la Calle在1544年对此写道：
不过，萨拉曼卡学派并不常有系统地采纳这个理论，如同弗里德里克·哈耶克所写道的：“他们始终没有了解到，对一个人而言真正重要的并非只是一件或一种特定产品的价值，更包括了产品在一个人的价值衡量表上所占有的位置…只有透过这种衡量表，每个人才能依据各自的偏好决定要如何分配资源。”
在那个时期，高利贷一直被定义为是“对一项贷款收取任何的利息”，并且一直被天主教会所批判。教会在第二次拉特兰会议中谴责任何还款超过原先借款总额的借贷。而在维埃纳会议中则明确宣布禁止高利贷行为，并且宣布所有容忍高利贷的法案都会被归类为异教徒行径。在中世纪的经济里，借贷完全被视为是一种维持生计必需的措施（碰上欠收季、工作场所失火等等），在这些情况下，对借贷者收取利息都被视为是不道德的行为。
到了文艺复兴时期，人口的大量流动促进了商业贸易，在这种环境下浮现的企业家精神也鼓舞了新的借贷产业发展。由于借款不再只是限于消费用途，也能做为生产用途，对于借贷的看法也开始改变。萨拉曼卡学派提出了许多用以正当化收取利息的理据。既然获得借款的人获得了好处，利息则可以被视为是付给借债方以补偿其风险的费用。另外机会成本也是问题之一，因为借债方在那段期间内将会失去使用那笔资金的机会。最后，或许也是最重要的一点，就是认为货币本身便是一种货物，因此使用一个人的货币也应该付给他一定的利息做为报酬。
马丁·阿斯皮利奎塔也考虑到了时间在借贷中扮演的角色，如果假设所有事物不变，一个人或倾向于在当下而非未来取得一件产品，这种时间偏好（Time preference）指出了时间先后对于价值的影响。依据这个理论，利息便是用作于补偿借债方在借贷期间失去使用资金的机会。
在文艺复兴时期，神学由于人文主义的崛起而逐渐衰退，经院哲学变成只不过是一种空虚而例行的研究方法论罢了。在弗朗西斯科·维多利亚领导下，萨拉曼卡大学展开了一段积极研究神学的时期，尤其是对于托马斯学派的复兴，使阿奎纳的理论再次影响了整体的欧洲文化，尤其是欧洲的大学。或许萨拉曼卡学派对神学最基本的贡献就在于以更贴近人性的角度研究问题，人性的重要性在那之前一直被忽略，学派也在这方面提出了许多之前没有被探索过的问题。“实证神学”（positive theology）一词就是用以描述这一波新的、更为实际的神学，以与早期的经院哲学做出区隔。
在更早的时代，当宗教（无论天主教、喀尔文教派、伊斯兰教等等）高过于一切事物，分析行为的道德与否的研究被视为是造福社会最实际而又最有效的方式。萨拉曼卡学派在法律和经济上提出的许多新奇概念便是为了解决当时社会所面临的各种新问题和挑战。
学派研究认为一个基督教信徒也有可能做出坏事、而一个对基督教一无所知的人也有可能行善，这在当时是革命性的概念，因为这表示了道德并非取决于神。这在研究异教徒行为上也相当重要，因为异教徒长期以来一直被视为是邪恶的，仅仅因为他们不是基督徒。
在经过多年研究后，学派发展出了一套诡辩，可以用于解决所有的道德困境。不过，由于诡辩在本质上永远无法完成，学派也开始研究更为完整的原则或原理。也是从这里学派发展出了或然论（Probabilism），判断事物的最高尺度并非是真理，而是最可能邪恶的一边。这个原则主要由Bartolomé de Medina所提出，并且由弗朗西斯科·苏亚雷斯继续研究，或然论在接下来的几个世纪里成为了最重要的道德思想学派之一。
在16世纪末期发生的“救援争论”（De auxiliis）是一场在耶稣会和多明我会之间爆发的争论。争论的话题围绕于圣宠和预定论（Predestination）概念，亦即一个人要如何将自身的自由意志与上帝的全知共存。在1582年，耶稣会的Prudencio Montemayor和Luis de León公开鼓吹人类自由，Domingo Báñez则认为他们给予自由意志太大的空间，并批评他们的理论就好像异端一般；他于是向西班牙宗教法庭控告两人信奉贝拉基主义（Pelagianism）：一个主张人类自由意志可以决定原罪以及上帝圣宠，在当时被视为异端的教派。结果导致Montemayor和León被禁止教学，并且禁止他们对自己的理念作出辩护。
León接着向天主教会的最高宗教法庭控告Báñez，指控他“犯下了路德教派的大错”—亦即那些马丁·路德的追随者。因为在路德教派和新教的教义下，人与生俱来就是带有原罪的，并且只能靠自己的努力获得救赎，也只有上帝才能赋予圣宠。不过最后Báñez被宣告无罪。
争论并没有就此结束，路易斯·摩里纳继续写下（1588）一书反击，这被视为是阐述耶稣会立场最好的一本著作。争论在接下来数年里持续进行，多明我会还曾要求克勉八世谴责摩里纳的一书。最后保禄五世在1607年承认了多明我会和耶稣会两派表达各自立场的权利，禁止双方再度以抹黑对方为异教的手段进行争论。
为何在一个由全知全能的上帝全盘掌握的世界中会有邪恶的存在，自古以来一直是许多争论聚焦的重点（见罪恶问题）。维多利亚试图解决这个问题，他首先主张自由意志是上帝给予每个人的礼物，然而并非每个人都会以自由意志选择正确的事物。也因此，邪恶的产生是人类的自由意志的必然后果。
