日本足球联赛 （日本フットボールリーグ，Japan Football League，简称JFL）是自1999年起，日本足球协会足球联赛系统中的顶级业余联赛，可是实际上，它是一个半职业联赛，很多全职的球员在此联赛中作赛。
1992-1998年间，日本足球联赛系统分布为：职业联赛(第1级，职业联赛系统只此一级）、旧JFL(第2级)、地区联赛（第3级，地区联赛以下级别省略）。1999年职业联赛新设乙级联赛（J2），成为联赛系统（同时为职业联赛系统）第2级。1998年球季的9支旧JFL球队，加入了J2。另外7支球队（分别为日本电装、本田、Jatco FC、国士馆大学足球队、水户蜀葵、大冢制药FC及索尼仙台）、因横滨水手和横滨飞翼合并而另创的横滨FC及1998球季地区联赛总冠军横河电机则留在新JFL，成为第3级联赛。
其后参赛球队数量由9支增加至12支，2001年达到16支。在2002年有18支球队，但2003年回复至16支，并在2006年重新增加至18支。由于高崎艺术退出，2012赛季只有17支球队作赛。大部分球队都是日本公司所属的业余球队。职业联赛球队的B队（例如冈山绿雉B队）也可参加，但只有持有日职联牌照的A队，才可升级至职业联赛系统。
日本丙组职业足球联赛(J3 League)于2014年成立后，JFL名义上与J3同属第3级联赛，但实际是第4级联赛，因为进入职业联赛系统的其中一个规定是，只有在JFL升级区内成绩最好的两队日职联百年计划加盟球会，便可于来季转到职业联赛系统最低级别参赛（当时为J3）。但夺得地区联赛（官方的第4级联赛）总冠军的加盟球会却不可因而直接进入职业联赛系统，只能升至而JFL。2013年度地区联赛总冠军盛冈仙鹤则属特例。
首届（2014年）J3有12队参赛，以2013年度J2自动降级→J2/JFL附加赛败方→JFL→地区联赛总决赛最终名次→地区联赛总决赛分组赛名次，加上日职联U22选拔队组成。J2第22名鸟取飞翔虽避免自动降级（JFL冠军长野拍档只持有J3牌照，不能参加J2），但附加赛仍败于赞岐（持有J2牌照），连同长野在内共9队于JFL的加盟球会及选拔队，仍只得11队。因此，最后一个名额由最终名次（盛冈→山口→沼津）依次替补。盛冈因以此特例“跳级”至J3。
2023年球季，J3实行降级制度，JFL将会接收自J3降级的球队，成为第4级联赛。
比赛采取双循环赛制，每场比赛90分钟，不设加时。胜方得3分，打和各得1分，负方0分。
2014年赛制有所改变，比赛改以日甲成立初期的两阶段赛制，比赛队伍每阶段以单循环形式对赛，但不设加时。
各阶段的冠军将会进行主客制的冠军争夺战，以决定总冠军，而第3名或以下则以两阶段积分总和排名。
联赛设有降级制度，但每季都会因应升级球队数量及赛会编制有所调整。以2021年赛季为例，在赛季结束时：
而2020年球季，因赛会宣布在2021年将有最多18支队伍参赛，不但没有球队降级，地区联赛总冠军及总亚军更直接升级。
联赛亦设有升级制，在赛季结束时，JFL的球队必须满足下列条件：
2023年球季起，为配合职业联赛系统改制，升级条件如下：
另外，在上半季中积分榜排行榜首的球队，可获得参加天皇杯资格，参与第一圈赛事。但2014年度天皇杯起取消了此资格。
2023年日本足球联赛参赛队伍共有 15 支。
