侯承祖（？－1646年9月27日（隆武二年八月二十日）），字怀玉，松江府金山卫人，明朝、南明军事人物。
侯承祖家族世袭指挥同知，因功加官参将。弘光元年（1645年）夏天，杜文焕退到金山，他打算斩杀杜文焕示众，但文焕逃走。嵩江兵起，他带兵帮助，遭吴志葵顾忌而被阻止。侯承祖恼恨地说：“既然城府听你统率，那么我为金山存亡了。”拂袖离去，与儿子侯世禄及掌指挥印刘梦麒倾家荡产购买兵器粮食。
隆武二年八月二日（1646年9月9日），吴志葵任用诸生杨寅东为中军守备，指挥刘羽圣掌管卫事。次日嵩江失陷。黄蜚和吴志葵的士兵溃散，侯承祖上疏绕海道到福京，并派遣使者到崇明和舟山乞师。十七日，清朝士兵攻到金山，未刻开始攻城，教师祝二元发炮打死十多人。承祖坐在短墙上，带领二千名骁勇的藤牌兵。清军乘漏洞架起云梯攀上矮墙，但士兵一登上墙就被斩杀，三日三夜也未能攻克。不久李成栋从江阴支援清军，写下招降书，侯承祖立刻将它焚毁，指挥马象乾脸色有异样，即时遭部众所杀。到八月二十日，清军用炮攻破北水关，士兵用小船登岛，同时有内应协助，因此金山城沦陷。他带着侯世禄和亲兵巷战，杀死五百多名骑兵，清军大感震惊。李成栋本来打算离开，而杨寅东、刘羽圣却投降。侯承祖力战到最后一刻，身中四十多支箭，马匹跌到被抓获，之后他大骂清军，李成栋用刀刃要胁他投降，他说：“我家祖先是明朝开国元勋，子孙不中断承袭，接受俸禄二百八十年，今日不如一死报国！”到嵩江文庙前，他说：“这是我死的地方。”望着孔子再拜，用刀自杀而死。他的妻子周氏及女儿在二年后因为谢文尧举报而遭捉拿到南京，都自刎而死。
