1846年教宗选举秘密会议因教宗额我略十六世在1846年6月1日离世后而召集举行。会议从1846年6月14日开始，经过4轮投票后，枢机团选出乔凡尼·玛利亚·马斯塔伊·费雷提枢机为新教宗，并取名号（英语：Papal name）为“庇护九世”。
尽管当时共有62位枢机，但由于有12位枢机因种种原因而无法出席，故此只有50位枢机能够参与该次秘密会议。
以下为出席的部分枢机选举人：
以下为缺席的枢机选举人：
原则上，参加选举的枢机可以投票给任何已受洗的成年男性天主教徒（即枢机可以投票给非枢机者）。然而，自1378年以来都是枢机当选教宗。
是次教宗选举秘密会议有最少4位潜在教宗。保守派希望延续君主专制及教宗额我略十六世和国务枢机卿路易吉·兰布鲁希尼（英语：Luigi Lambruschini）共同制定的严厉政策，但开明派则支持托马索·帕斯克尔·吉莉齐（英语：Tommaso Pasquale Gizzi）和若望·玛利亚·马斯塔伊·费雷提并希望选出一个会改革教会的教宗。第四位潜在教宗为深受罗马市民欢迎的枢机团团长卢多维科·麦克拉（英语：Ludovico Micara），但作为开明派的他从来没有得到各枢机的支持。
吉莉齐枢机虽然得到法国政府的支持，但由于得不到各枢机的支持而令选举秘密会议变成费雷提枢机和兰布鲁希尼枢机之争。6月16日下午，枢机们召开第4轮投票，天主教伊莫拉教区主教若望·玛利亚·马斯塔伊·费雷提枢机得到在座最少三分之二枢机的支持而当选教宗。费雷提枢机于该轮投票担任监察员。根据历史学家的研究，当他读出正式票数时，他显得激动，因为他知道自己已经达到当选教宗的门槛。他一度向各枢机要求免除他作为监察员，但由于这样做会令该轮投票无效，他并不被允许这样做。结果，费雷提枢机成为少数向参与选举秘密会议的枢机宣布自己当选教宗的监察员。
枢机团选出新教宗后，首席助祭（英语：Protodeacon）卡洛·奥皮佐尼（英语：Carlo Oppizzoni）枢机登上奎里纳莱宫的露台并向信众以拉丁语宣布新教宗的姓名及名号。该拉丁语宣布如下：
中文翻译如下：
数位信奉天主教的君主有权否决某些枢机成为教宗。米兰总教区总主教卡罗·加埃塔诺·佳士德（英语：Carlo Gaetano Gaisruck）枢机代表奥地利皇帝斐迪南一世提出否决若望·玛利亚·马斯塔伊·费雷提枢机，但当佳士德枢机到达会场时，费雷提枢机已当选教宗。
一些著作中则有记载投票结果。然而，这些选举结果并没有得到官方证实。枢机如要成功当选教宗，他必须最少要得到34票。
1846年6月21日，庇护九世于圣伯多禄大殿以三重冕加冕，正式成为天主教第255任教宗。这次教宗选举秘密会议亦于庇护九世加冕后正式完结。他是自首任教宗圣伯多禄以来就任时间最长的教宗，任期长达31年。1870年，教宗国灭亡，庇护九世退至梵蒂冈居住并自称“梵蒂冈之囚”直至于1878年离世为止。
