关键种或关键物种(英语:keystone species,又直译基石种或基石物种)是指对环境的影响与其生物量不成比例的物种。这些物种对保持生态群落(英语:Community (ecology))的结构起着重要的作用,它们影响着生态系统中其他许多生物,并决定了群落中各种物种的种类与数量。
关键种在生态系统中的作用类似于拱心石(英语:Keystone (architecture))在拱形建筑中的作用。虽然在拱形建筑中拱心石受到的压力最小,但失去拱心石的话拱形建筑也就不复存在了。与此类似,如果失去关键种,生态系统就会经历剧烈的变化,尽管从生物量或生产力(英语:Productivity (ecology))来衡量其只占了生态系统的一小部分。
关键种是保护生物学中一个十分流行的概念。