危地马拉种族屠杀（西班牙语：Genocidio guatemalteco）又称马雅种族屠杀（西班牙语：Genocidio maya）、沉默的大屠杀（西班牙语：Holocausto silencioso），为危地马拉内战期间土生白人的军政府对马雅人的大屠杀，自1965年起军政府一贯的政策即是大量屠杀、虐待与草率处决左翼游击队成员，且美国官员对此知情，曾发表报告讨论危地马拉军政府以屠杀上千人作为维系恐怖统治的手段。人权观察指这些屠杀“异常地残忍”，且多为针对非武装的平民。
种族屠杀在危地马拉北部弱者游击队（英语：Guerrilla Army of the Poor）（EGP）活跃的地区尤为严重，危地马拉军队将当地马雅农民均视为游击队的支持者，并对其展开大规模屠杀。杀害平民的案件自内战爆发起即持续发生，但1975年起军队开始全面屠杀行动，并于1980年代初期达到高峰，内战期间军方至少发动了626起屠杀，1981年至1983年间即摧毁440座马雅村庄，有些市镇中有多达三分之一的村庄被毁，1985年的一份研究报告指出有超过20万名儿童失去了至少一名双亲，且1980年至1985年间有45,000至60,000人遇害。
据统计，有约20万人在危地马拉种族屠杀中遇害，包括至少4万名下落不明者，其中93%为被政府军队杀害，联合国资助的历史澄清委员会（英语：Historical Clarification Commission）（CEH）调查共42,275起遇害或失踪案件，其中有83%遇害者为马雅人，1999年CEH调查结论指出危地马拉军队犯下种族屠杀，且美国对其提供军事训练，对冲突中的人权侵犯有严重影响，但美国队屠杀不负有直接责任。1982年至1983年任危地马拉总统的埃弗拉因·里奥斯·蒙特被控犯下战争罪，2013年被判有罪，为首次有总统被判在本国犯下种族屠杀罪，但此判决随后被推翻，至其于2018年逝世为止仍未能终审宣判，法院只得终结诉讼。
