后管肾（单数：Metanephridium复数：Metanephridia）是环节动物等真体腔动物的排泄器官。后管肾较原管肾高级。
后管肾开始从血液中接受代谢废物，使进入管内的体腔液代谢废物浓度大大升高，加之重吸收作用的出现，肾管中的液体与体腔液很不相同，就此可称为尿。
原理是血液在体腔通过压力过滤作用形成的。在此特化的体腔上皮细胞-足细胞（podocytes）外基（ECM）质成为超过滤的场所。ECM的孔可以让小分子物质通过，而蛋白质和细胞则会留在血液中。原尿会在后管肾肾口（Nephrostom，纤毛漏斗）被收集，之后小管上皮主动重吸收一切有用的物质。之后这种终尿会经肾孔（Nephropore）排出体外。
后管肾系统比较费事，但是最大的好处是，不需要额外的系统就可以将一切在血液中的废物和有毒物质排出体外。
