闽侯历史始于汉朝，当时属会稽郡东部都尉。东汉东部都尉留一员候官（主管斥候的军候）镇守此地，因而又称候官、东候官。建安年间，称侯官县。
晋太康三年（282年）设宁德县，划侯官县温麻船屯设温麻县，属晋安郡。之后析侯官县，置原丰县、温麻县两县。南朝梁天监年间，侯官跟原丰合并，成为东侯官，温麻县不变。
隋改东侯官为原丰县，后更名闽县。唐析闽县，置侯官、长、福宁、新宁、温麻五县；之后侯官县再度并入闽县。武周长安二年(702)，析闽县西十二乡复置侯官县。
宋明清期间本县历史未明，但明朝闽候依然是地方名称。
民国二年（1913年）3月，闽县、侯官两县合并为闽侯县。1933年又分拆为闽县、侯官两县。1944年又改名为林森县，以纪念林森。1946年划出县城设福州市。
解放后，1950年4月复名闽侯县。
