于二次大战期间，希腊只有规模很少，而且欠缺装备的军队。不过，希腊于大战中仍对盟军作出重大贡献。
在二次大战期间，希腊只有规模很少，而且欠缺装备的军队。不过，希腊于大战中仍对盟军作出重大贡献。意大利王国要求意军占领希腊。其后，意大利于1940年10月28日从意属阿尔巴尼亚入侵希腊，希义战争爆发，但希腊军顽强抵抗并成功驱逐意军的入侵。是次战争也被视为盟军自法国投降后第一次胜利。
南斯拉夫转投盟军，纳粹德国为了确保战略南翼的安全，加上意大利在希腊受困，决定介入巴尔干战区，并发动希腊战役顺便入侵南斯拉夫，轴心国占领南斯拉夫后入侵希腊，在德国、意大利、保加利亚三国攻击下，4月27日德军攻入雅典，希腊战败被瓜分。
1941年5月20日，德国策动克里特岛战役，利用攻击伞兵的大型攻击夺取克里特岛，以减低盟军从埃及反攻的威胁，以及支援在非洲作战的德义联军，虽然最终克里特岛被占领，但德军行动面临重大的阻力，推迟对苏联的军事计划。有人认为纳粹德国由于在克里特岛战役中损失大量伞兵，无法在1941年6月22日入侵苏联后，德军兵临莫斯科时因天气恶劣被苏军成功反攻，并认为如果从1941年6月22日提早至5月20日刚入夏天时开始入侵，以德军的闪电战在冬天前击败苏联，历史可被改写。
希腊经济在轴心国占领期间被摧毁，成千上万的希腊人因抵抗、被关在集中营或饥饿致死。尽管希腊东正教和基督教徒尽力保护犹太人，占领者仍杀害了大部分犹太人。
当苏联军队在1944年8月打败德国盟友罗马尼亚及保加利亚，德国军队为避免失去其他部队的支援，从希腊北部和西北部撤出到南斯拉夫和阿尔巴尼亚，在1944年10月结束占领希腊。英国军队在10月4日登陆帕特雷，10月13日进入雅典。 由于战时左右翼抵抗武装摩擦严重，解放之后内战旋即开始。
