周懋琦(1836年-1896年),原名鸿宝,字子玉、韵华,号韩侯,安徽绩溪人,清末政治人物,拔贡出身。
初任漳州转运使,同治元年(1862年)来台帮办军务。同治二年(1863年)丁曰健任台澎兵备道,周懋琦以主事参谋军事,其间曾两度内渡请饷接济,后因协助平定戴潮春事件有功,以员外郎分部候补,加四品衔。同治十一年(1872年)奉旨以台湾府知府身份兼任按察使衔分巡台湾兵备道。光绪二年(1876年)因水土不服调任福宁府知府。光绪五年(1879年)台湾建省后,亦再代理一任台湾府知府。丁忧离任,其后任福建船政提调。再任监督出洋肄业事宜。
著有《全台图说》、《议复水师李提督台湾治略》等