日本秦氏为日本一个古代的氏族，与东汉氏同为具影响力的氏族。自称秦始皇的后代（《新撰姓氏录》说是三世孙孝武王）。
据《日本书纪》记载，秦氏之先祖弓月君（《新撰姓氏录》作融通王）于应神天皇14年自朝鲜半岛的百济率领貊（乐浪郡）地区二十七县的人归化于日本。根据新撰姓氏录记载，有人说秦氏乃五胡十六国时期前秦苻坚的王室或贵族因战乱而经朝鲜半岛至日本避乱。另一说法是秦始皇四世孙功满王在仲哀天皇时来到。
《隋书》卷四十六《倭国传》载：“明年（大业四年，608年），上遣文林郎裴清使于倭国。度百济，行至竹岛，南望耽罗国，经都斯麻国，乃在大海中。又东至一支国，又至竹斯国，又东至秦王国，其人同于华夏，以为夷洲，疑不能明也。又经十余国，达于海岸。自竹斯国以东，皆附庸于倭。倭王遣小德阿辈台，从数百人，设仪仗，鸣鼓角来迎。后十日，又遣大礼哥多毗，从二百余骑郊劳。既至彼都……” 这里所讲的秦王国，可能就是秦氏的聚居地。
他们的主要据地在山背国葛野郡与山口郡、纪伊郡。在雄略天皇以后，开始受到朝廷的重用（当时有92部，18600人）。
秦氏有名的人物是秦酒公（太秦公），雄略天皇把各地秦人交给他管理，他们工作是养蚕制丝与织布、土木工程与农业、理财。另一人是秦河胜（他是官奴），圣德太子的宠臣，负责建设广隆寺。
裴世清曾在山口郡发现一秦王国，每方面也与秦代一样。
秦氏有太秦公、秦长连、秦野、秦人、秦川、秦上、秦下、秦内、秦井、秦多、秦当、秦佐、秦冠、秦前、秦党、秦原、秦部、秦许、秦常、秦胜、秦人部、秦川边、秦大藏、秦小宅、秦井手、秦中家、秦田村、秦长田、秦物集、秦泉寺、秦高桥、秦达布、秦佐此佐等分支。他们在桓武天皇时权力很大。他们对开发鸭川一带贡献很大。
在平安时代部分人以惟宗氏（日语：惟宗氏）为名，岛津氏亦以秦氏先祖而自称。另外，四国的长宗我部氏和香宗我部氏（日语：香宗我部氏）也自称是秦氏后裔。姓羽田的与他们有关，日本前首相羽田孜曾公开承认自己是秦人之后。波多氏（日语：波多氏）、已智、三林、长冈、山村、秦公、秦姓、国背、物集、大里、伊美吉、川胜氏、神保氏也是秦氏后人。
秦氏有他们的神社：松尾大社、伏见稻荷大社、木嶋神社（日语：木嶋坐天照御魂神社）、大避神社（日语：大避神社）。最有名是伏见稲荷大社，而大酒神社（日语：大酒神社）是祭祀秦始皇、孝武王、功满王。
1554年秦幸清战败，秦氏被整肃，多改姓羽田、长冈、波多、波多野（日语：波多野）（另一部分为藤原秀乡后裔）等等。但现代有少数人复姓秦氏。
