吴昌时（？－1644年），字来之，浙江秀水人，一说嘉兴人。
天启四年（1624年），与郡中名士张采、杨廷枢、杨彝、顾梦麟、朱隗等十一人组织复社。崇祯三年（1630年）应天乡试举人。崇祯七年（1634年）中进士，官至礼部主事、吏部郎中。崇祯十年（1637年）薛国观因收受吴昌时的赂金，事发被弹劾免职，最终自尽死。昌时后依附周延儒，崇祯十四年（1641年）二月，经张溥、吴昌时的竭力策划，周延儒任相，昌时为文选郎中。昌时与董廷献狼狈为奸，把持朝政。最后吴昌时用药毒害张溥，“以一剂送入九泉”。亲家徐汧见昌时结怨太多，料定必定遭祸。祁彪佳首劾吴昌时紊制弄权，随意将御史外调。御史蒋拱宸弹劾吴昌时赃私巨万，牵连周延儒，给事中曹良直亦劾周延儒十大罪，朝廷遂削周延儒之职，遣锦衣卫逮其入京受审。昌时百般辩解，称“祖宗之制，交结内侍者斩，法极森严，臣不才，安敢犯此？”明思宗亲自审问吴昌时，命用刑打断了吴的小腿， 阁臣蒋德璟、魏藻德奏道：“殿陛之间无用刑之例，伏乞将昌时付法司究问。”思宗怒批：“此辈奸党，神通彻天，若离此三尺地，谁敢据法从公勘问者！”二阁臣奏道：“殿陛用刑，实三百年来未有之事！”明思宗说：“吴昌时这厮也三百年来未有之人。”崇祯十六年冬十二月（1644年1月），被斩首示众。方以智撰《哀吴江》诗悼之。
