巫蛊之祸，也称作巫蛊之狱，是西汉征和二年（前91年）汉武帝在位晚年（66岁）时发生的一场政治动乱，对之后的政治影响深远。
事情起因是汉武帝长子兼皇位继承人——太子刘据因被江充、苏文等人诬陷以巫蛊诅咒父亲，在无法自辩的情况下被迫发兵起事诛杀江充，导致汉武帝以为儿子企图谋反而派丞相刘屈牦带兵镇压。两方对战导致长安城中死伤过万，最后太子兵败逃亡，在被追剿无路可逃之后自缢而死。巫蛊之祸从发端到结尾实际前后罹难有十多万人，大量政治军事人才流失成为西汉政权的衰落重要的历史原因。“如此以屠戮骨肉姻亲为主要对象的狱案，其时间之长、影响之大在中国历史上实属罕见”。
传统迷信认为巫蛊之术（即巫术诅咒及用木偶人埋地下）可以害人。汉武帝晚年多病，疑其为左右人巫蛊所致。
汉武帝一生沉迷女色，后宫有多位佳人先后失宠，为重新获得帝王的恩宠，后宫诸佳人多邀请女巫入宫，试图以巫术达到目标，同时对其所嫉妒者便施以巫蛊之术，一时间后宫迷乱，时有发生因后宫的巫蛊之事而牵连朝中大臣的事件。而此时的皇后卫子夫年老色衰，失去汉武帝的爱宠，同时外戚家族卫氏于朝廷当中的权势日盛，与朝廷遂产生矛盾。
征和元年（前92年），丞相公孙贺之子公孙敬声因为贪污北军公款被捕入狱，公孙贺为了给儿子抵罪，亲自抓获了当时被通缉的阳陵的知名游侠朱安世。安世出于报复，在狱中上书揭发公孙敬声与阳石公主私通，并宣称公孙一家在甘泉宫驰道埋木偶人诅咒汉武帝。公孙贺父子被下狱后死在狱中，家人全被斩杀，同时还牵连阳石公主，和皇后卫子夫所生的另一个女儿诸邑公主以及卫青的长子卫伉全部被杀。卫氏在汉廷内部的政治盟友也因此损失殆尽。
当时汉武帝的宠臣江充曾得罪太子刘据，江充见武帝日渐年迈体衰，担心太子刘据继皇位后，对自己不利，便对武帝说：“宫中充满蛊气，巫蛊不除，陛下的病就很难好起来。”于是汉武帝任命江充追查巫蛊之事。江充先从失宠的后宫夫人查起，一直查到皇后和太子的住所，把屋里屋外都掘遍了，连一块木头都没有。所抓之人皆以酷刑逼供，导致冤狱横行。为了陷害太子，江充把事先准备好的桐木人拿出来，并宣扬说：“属太子府挖到的木人最多，还发现了太子诅咒陛下的帛书。我们应该马上奏明陛下，办他的死罪。”
刘据被逼得走投无路，想要面见当时正在甘泉宫养病的汉武帝，但是每次都被江充和黄门内侍苏文的手下挡了回来。刘据苦于无法自辩之时，太子少傅石德用赵高藉秦始皇之死逼死太子扶苏的事为例，劝说刘据起兵剿灭奸臣。刘据别无他法，便以谋反的罪名命武士将江充斩首示众，并在母亲卫皇后的支持下开始清剿江充余党。但是御史章赣和内侍苏文脱逃，并跑到武帝告太子造反。武帝起初不信，叫身边的一个小宦官到京城诏太子面圣。不料那个小宦官害怕太子会把他杀了，不敢与太子见面，没有进城就回去谎称：“太子的确造反了，太子还要杀我，我是逃出来的。”武帝信以为真，便派遣丞相刘屈牦发兵镇压，太子也释放了京城内的囚徒抗拒。
刘据命令长安的囚犯如侯持太子节杖，假冒圣旨领兵长水及宣曲的胡族骑兵。刚好侍郎马通从皇帝身边出使长安，对胡兵们说如侯的节杖有诈，并将如侯斩首，反过来率领胡兵进入长安交大鸿胪商丘成指挥。刘据也派人持太子节杖去命令监北军使者任安出兵协助。但任安在这次动乱中采取观望态度，既不应太子，也没有向丞相方面靠拢。
太子与丞相双方兵马在长安街巷激战五日后，刘据兵败带着两个儿子出逃，皇后卫子夫随即自杀。驻守城门的司直田仁放过太子和两个皇孙从身边逃出。刘屈牦得知后，要杀田仁，被御史大夫暴胜之劝止。
刘据逃至湖县（今河南省灵宝市）藏在一位好心的穷人家里，那家人以卖鞋为生，生活贫困难以负担太子一行人的吃住。太子恰好有一位朋友住在湖县，家里有钱，便使人去找他，却被官吏发现。县令李寿和官卒张富昌就带兵捉拿太子，刘据无处可逃，自缢而死，得年38岁。两位皇孙和屋主也在搏斗中被杀。李寿、张富昌两人随后带着刘据尸体进京领赏。
刘据逃亡时，汉武帝正在震怒之中，朝中无人敢出面为太子求情。此时壶关三老令狐茂冒着死罪上书，阐明了太子不可能谋反的道理。汉武帝随后也意识到巫蛊之乱很可能是一件冤狱。刘据死后，汉武帝出于承诺不得不赏封了捕杀刘据一行人的官吏。之后一段时间，有关巫蛊案件破绽重重的消息逐渐被揭密，此时负责看守太庙的田千秋自称被托梦，上书汉武帝，讼太子冤：“子擅自玩弄父亲的兵器，其罪仅止于笞刑。太子有误杀人，是什么罪呢？臣曾经梦见一白发老翁，叫臣对皇上进言。”汉武帝深感后悔，族灭江充全家及泉鸠里加兵刃于太子者，焚宦官苏文于横桥上，后又作思子宫。
事情水落石出后，汉武帝追悔莫及，便转手报复当初参与谋害太子的人，丞相刘屈牦等相关人物被以各种理由被杀或被迫自杀，被诛杀牵连甚广，皇亲国戚以及显要官员，震荡当时西汉政权的高层几乎每一个人物，国本动摇。
征和三年，内侍郭穰密告丞相刘屈牦夫人诅咒汉武帝，并与贰师将军李广利共祷祠，欲令昌邑王为帝。后刘屈牦被腰斩于东市，其妻则是枭首华阳街，李广利妻子被捕。李广利当时正在前线打仗，得知消息后仓促出击匈奴，兵败后投降，后来在卫律的计谋下被匈奴人所杀。
汉武帝死后，幼子刘弗陵登基，是为汉昭帝。汉昭帝早逝无子，霍光等人于是立汉武帝之孙昌邑王刘贺，刘贺登基不到一个月就因品行恶劣又被霍光废掉。然后，霍光立了刘据唯一幸存的孙子刘病已为汉宣帝，汉朝帝位终再度回到刘据的后裔手上。
这次巫蛊之乱对汉朝及刘姓皇族影响深远。大量政治上层人物被杀，国本动摇，有学者认为巫蛊之祸实为西汉由盛转衰的转折点。巫蛊之乱发生于国都，前后十万人受到牵连，一时人人自危，统治者的权威和信任大大受到挑战。
卫太子刘据自杀，汉武帝失去原本的继承人，多年培养的接班人计划落空，刘氏宗室多人受牵连，朝中大臣也多受诛连，导致后来的霍光专权。
巫蛊之祸后不久，汉武帝下达轮台罪己诏，开始反思其执政策略，减少军事行动而将注意力更多转向“富民”，并将为太子鸣冤的田千秋拜相。
