2006年黑山独立公投是于2006年5月21日在塞尔维亚和黑山国家联盟的黑山共和国进行的一次独立公投，以决定塞尔维亚和黑山的前途。最后官方于5月23日公布55.5%人投票支持黑山脱离塞黑独立。
黑山为原南斯拉夫社会主义联邦共和国六个共和国的一个，1990年代初南斯拉夫其中4个共和国先后独立，引发多场战争，塞尔维亚和黑山是唯一留在南斯拉夫的成员共和国。至1990年代末塞尔维亚和黑山关系恶化，2003年两国同意将南斯拉夫重组成较松散的塞尔维亚和黑山国家联盟，并规定塞尔维亚和黑山于2006年前皆不得独立。
塞尔维亚和黑山宪法容许任何一方于2006年后经公民投票通过后独立，但公民投票程序由两个共和国自行规定。
黑山宪法规定，任何改变黑山宪法地位和现状的决定必须由公民投票通过，且任何被公民投票否决的议题在一年内不得再提出，任何公民投票须由总统向国会提出再择日进行。
此次公民投票被定为有约束力的投票，黑山国会须于投票后15天内公布结果，并于60天内完成投票结果所要求其所作的工作。如投票通过独立，黑山现状将被改变，国会会被解散，并于90天内制定新宪法。塞尔维亚已表示会尊重黑山公民投票结果。
公民投票欧盟代表米罗斯拉夫·拉杰卡克（英语：Miroslav Lajčák）表示：须有55%人投赞成票欧盟才承认公民投票的有效性。
除居于国内的黑山公民外，海外黑山侨民也可回国投票，惟居于塞尔维亚的黑山侨民则没有投票权。
正式公民投票的问题是：你是否要黑山共和国成为国际承认的法律上独立的国家？
原文：Želite li da Republika Crna Gora bude nezavisna država sa punim međunarodno-pravnim subjektivitetom?
在黑山共和国国内：
独立议题普遍获黑山族、穆斯林（多为波斯尼亚族）和阿尔巴尼亚族支持。黑山时任政府（包括时任总统和总理）皆支持独立。
国内的塞尔维亚族人、居于山区接近黑山和塞尔维亚边境地区的人和东正教会普遍反对独立。（另外，“黑山族”和“塞尔维亚族”的认同本身就带有统独意义。）
当地时间5月22日上午，黑山选举委员会公布初步投票结果，合格投票的484,718名选民中有419,000人在1,124个选区投票（投票率为86.6%），其中赞成票55.4%，反对票44.6%。
当地时间5月23日确认的投票结果：
赞成票多于门槛的55%，公民投票通过，黑山共和国开始脱离塞黑的法律程序。
同时因塞黑只由塞尔维亚和黑山两国组成，黑山的独立已变相解散联盟，故塞尔维亚也同时独立。按宪法，塞尔维亚将继承塞黑的所有国际法律地位（如联合国议席）。黑山后来则以独立身份重新申请有关国际地位。
