原始跨新几内亚语是构拟出的跨新几内亚语系的祖语。目前的构拟方案有马尔科姆·罗斯（Malcolm Ross）和安德鲁·鲍利（Andrew Pawley）。
原始跨新几内亚语在形态上很简单：5个元音/i e a o u/，3个部位的3种阻碍音/p t k, b d ɡ, m n ŋ/（安德鲁·鲍利（Andrew Pawley）构拟的浊音是预鼻化的/mb nd ŋɡ/），还有硬颚塞擦音/dʒ ~ ndʒ/、擦音/s/和近音/l j w/。音节结构是简单的 （C）V，CVC可以出现在词尾。许多语言都有有限的声调系统。
原始跨新几内亚语元音是5元音系统：
Ross构拟出下列代词，单数~非单数存在*a~*i元音交替：
“我们”和“你”也分别有*nu和*ja的拟法，罗斯推测它们可能是敬称形式。还有双数后缀*-li和*-t、复数后缀*-nV，（即n再加元音）、众数后缀*-pi-（双数）和*-m-（复数），出现在包含式“我们”中。（不过可数后缀的屈折在地理上局限于中东部高原，可能构拟不到原始跨新几内亚语。）
Madang、Finisterre-Huon和Kainantu-Goroka共同组成“东北新几内亚语系”（NENG），作出这一分类是基于形态证据，如互相可重构的标记主语的动词后缀：:17-68:147-148
