被子植物APG III分类法是被子植物种系发生学组（APG）继1998年APG I及2003年APG II之后，花了6年半修订的被子植物分类法，于2009年10月正式在林奈学会植物学报发表。于2016年被APG IV取代。
APG III承认了早前版本的所有45目，并新接受了14个目，共计59目。新增的目有：无油樟目、睡莲目、金粟兰目、无叶莲目、昆栏树目、黄杨目、智利藤目、葡萄目、蒺藜目、美洲苦木目、十齿花目、南鼠刺目、鳞叶树目及盔瓣花目。
APG III所承认的科共有415个，有许多小型科被合并，早前被建议合并的55科之中有44个被合并，即八角茴香科、葱科、百子莲科、龙舌兰科、星捧月科、西丽草科、风信子科、异蕊草科、假叶树科、紫灯花科、独尾草科、萱草科、独叶草科、荷包牡丹科、蕨叶草科、双颊果科、水青树科、齿蕊科、高柱花科、花茎草科、谷木科、微形草科、马尾树科、水母柱科、羽叶树科、王冠草科、时钟花科、钟萼木科、地果莲木科、弯子木科、骆驼蓬科、旱霸王科、珙桐科、厚皮香科、假红树科、桃叶珊瑚科、陀螺果科、半边莲科、离水花科、黄锦带科、川续断科、北极花科、刺续断科及败酱科等。
其它被APG III合并的科有：黄花绒叶草科、菝葜木科、黑三棱科、杜香果科、异裂果科、裸木科、方枝树科、喙萼花科、梅花草科、杜茎山科、紫金牛科、假轮叶科、寄奴花科、多香木科、智利木科、假茱萸科、参棕科及番茱萸科等。
此外，APG III也承认了19个新的科：刺藤科、青皮木科、粟麦草科、南商陆科、小鸡草科、土人参科、回欢草科、裂药树科、胡桐科、南线梅科、非杨柳科、十齿花科、醉蝶花科、簇花草科、帽蕊草科、管花木科、母草科及土蔓兜科等。（还有首次提到眠树科，但已并入盔瓣花科。）
和APG II相比，APG III被子植物之中许多类群的关系已经获得进一步理清，地位未定的科从早前的39科大幅减少到10科，即离花科、锁阳科、多须草科、清风藤科、五桠果科、紫草科、二歧草科、茶茱萸科、管花木科及五蕊茶科。这10科中有8科的位置也已经大致确定，只有离花科及锁阳科未有归属。
此外，还有3个属的地位未定，即、及；其中及是首次在此列出。
在APG III分类法中，无油樟目、睡莲目及木兰藤目形成了被子植物的基底旁系群，而木兰类植物、单子叶植物及真双子叶植物则形成了被子植物的核心类群，其中金粟兰目及金鱼藻目各别是木兰类及真双子叶植物的旁系群。
在单子叶植物之下，鸭跖草类植物成为了其核心类群，而在真双子叶植物之下，蔷薇类及菊类则是核心真双子叶植物最主要的两大分支。其中，蔷薇类的核心类群主要由豆类植物（即APG II里的真蔷薇I）及锦葵类植物（真蔷薇II）组成；菊类的核心则由唇形类（真菊I）及桔梗类（真菊II）植物组成。
被子植物的主要分类如下：
APG是依据基因亲缘关系将被子植物分类，每个分类单位都是一个单系群，被子植物各分支的关系如下，部分地位未定的科（属于真双子叶植物）未在此列出：
核心真双子叶植物 Core Eudicots（继下）
昆栏树目 Trochodendrales
黄杨目 Buxales
山龙眼目 Proteales
清风藤科 Sabiaceae
毛茛目 Ranunculales
金鱼藻目 Ceratophyllales
鸭跖草目 Commelinales
姜目 Zingiberales
禾本目 Poales
棕榈目 Arecales
多须草科 Dasypogonaceae
天门冬目 Asparagales
百合目 Liliales
薯蓣目 Dioscoreales
露兜树目 Pandanales
无叶莲目 Petrosaviales
泽泻目 Alismatales
菖蒲目 Acorales
木兰目 Magnoliales
樟目 Laurales
胡椒目 Piperales
白桂皮目 Canellales
金粟兰目 Chloranthales
木兰藤目 Austrobaileyales
睡莲目 Nymphaeales
无油樟目 Amborellales
盔瓣花目 Paracryphiales
川续断目 Dipsacales
伞形目 Apiales
鳞叶树目 Bruniales
菊目 Asterales
南鼠刺目 Escalloniales
冬青目 Aquifoliales
唇形目 Lamiales
茄目 Solanales
龙胆目 Gentianales
紫草科 Boraginaceae
绞木目 Garryales
杜鹃花目 Ericales
山茱萸目 Cornales
石竹目 Caryophyllales
檀香目 Santalales
智利藤目 Berberidopsidales
锦葵目 Malvales
十字花目 Brassicales
十齿花目 Huerteales
无患子目 Sapindales
美洲苦木目 Picramniales
燧体木目 Crossosomatales
桃金娘目 Myrtales
牻牛儿苗目 Geraniales
葫芦目 Cucurbitales
壳斗目 Fagales
蔷薇目 Rosales
豆目 Fabales
酢浆草目 Oxalidales
金虎尾目 Malpighiales
卫矛目 Celastrales
蒺藜目 Zygophyllales
葡萄目 Vitales
虎耳草目 Saxifragales
五桠果科 Dilleniaceae
洋二仙草目 Gunnerales
