南北朝是指1331年至1392年间日本历史上皇室分裂为南、北两个天皇的时代，位于镰仓时代与室町时代之间。在这段时间里，两方有各自的皇位承传，也各自有朝廷并立对峙。
后嵯峨天皇由于废长立幼，两个皇子先后即位，皇室分为持明院统和大觉寺统两个家族，就皇位继承问题发生了非常激烈的斗争。在镰仓幕府的调停下，双方约定由两派轮流担任天皇，即二统迭立。1331年，持明院统的光严天皇在幕府支持下即位，流亡的后醍醐天皇却坚持不退位，为广义的南北朝时代开始。
1333年大觉寺统的后醍醐天皇灭镰仓幕府后，进行首度王政复古，推行新政，史称建武新政。由于新政未能满足武士要求，且仅重用京都公家贵族，故引起军人们的愤怒。当中倒幕大将足利尊氏更为不满，其虽被赐予天皇名字中之尊字，但其有意建立幕府，采取架空皇室的武家政治。
1335年，足利尊氏发动延元之乱，强迫后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇。光明天皇策封他为征夷大将军，建立室町幕府，是为北朝之始。而后醍醐天皇被迫退位后设法逃出，持着天皇象征的三神器复辟，退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书称为“一天二帝南北京”。
南北朝开始早期，南朝之势力比北朝更为强盛，领有奥州、北陆、甲信全境及东海、畿内之大半。1338年北畠显家、新田义贞先后战死，北朝势力首次压过南朝。1338年至1348年间，北朝逐渐收复近江以西的东国，并于1348年攻陷吉野，南朝朝廷逃至奈良，南朝领土仅余纪州、大和、河内、和泉、伊势、伊贺、志摩等地，南朝已无可用之兵。
1349年，足利家因家内直义派、师直派不和，爆发观应之扰乱，足利幕府爆发一分为二的内战。足利直义之子足利直冬在九州起兵，南朝的怀良亲王乘机从幕府管治下夺回九州。1351年，尊氏向南朝投降，达致正平一统。1352年，尊氏于关东平定观应之扰乱，其弟直义不久死去。同年4月，南朝乘尊氏前往东国之时攻入京都，被幕府二代将军足利义诠撃退，但南朝势力再度压过北朝。1355年6月，归顺南朝的足利直冬率南朝方的足利一门再度攻至京都，在与尊氏交涉后，同意撤退。1358年，尊氏去世前，北朝已掌握除畿内南部的整个本州岛、四国东部。南朝掌握九州全境、四国大部、畿内南部，南朝从此没落。1364年，二代将军足利义诠对畿内南部进攻，被撃退，亦曾一度攻下九州，后又被打退。因内乱不止，义诠在世年间仅攻下和泉、河内、纪伊北部。
1367年，二代将军义诠逝世，10岁的足利义满继任为三代将军，因北朝内乱之故，南朝再次兴盛。十二年间，北朝乱事被三代将军义满一一平定，并策划了对南朝的反攻。1379年至1384年，北朝夺回四国和南朝在畿内的大片领土，1385年夺回九州。1392年，北朝包围奈良，南朝后龟山天皇将三神器交给北朝后小松天皇，历时56年的南北朝时代于焉结束。
至于两方何者为正统性，直至20世纪初期，幸德秋水提出当时明治天皇的正统性问题，明治天皇最后作出结论：以南朝天皇为日本的正统，北朝天皇保留名号，但不列入正统。
