罗杰·费德勒的年终世界排名为平十一年新低的第六，夺得一座250赛事冠军（哈勒）。
澳网连续十年跻身半决赛后，以盘数2-3负于安迪·莫瑞，连续三年半决赛出局。法网则在四分之一决赛败给特松加。温网更爆出惊天冷门，第二轮被乌克兰球手谢尔盖·斯坦高夫斯基淘汰出局，终止了他连续36次打进大满贯四分之一决赛这个横跨整整九年的纪录﹔亦令他的世界排名跌至十年新低的第五位。在辛辛那提大师赛四分之一决赛再次败予納達尔后，世界排名更跌至十一年新低的第七。美网，他被列位第七种子，这是他自02年以来首次在四大赛未列前三种子，最终也在第四轮以直落三63-7、3-6、4-6败给第19种子托米·罗布雷多，止步十六强，亦是他自02年以来首次无缘晋身其中一项四大满贯赛事决赛。年终赛方面，半决赛再被老对手納達尔淘汰，后者取得双方在这项赛事交手的首场胜利。
费德勒以直接参与澳网作为2013年赛季的开始，以不失一盘的战绩来到四分之一决赛，遇上特松加，两度领先下都被这位法国好手追平，在决胜的第五盘，费德勒胜6-3，以盘数3-2击败对手﹔半决赛则遭遇莫瑞，这次费德勒未能再力挽狂澜，以4-6、7-65、3-6、7-62、2-6的五盘比分不敌英国人，但已能够将自己保持的连续晋级澳网半决赛的纪录改写为十年。其后，费德勒参加鹿特丹和迪拜站的赛事，不过分别在四分之一决赛及半决赛出局，赛季第一项大师赛印第安维尔斯站，四分之一决赛以4-6、2-6败给刚伤愈复出不久的宿敌納達尔。
印第安维尔斯赛事完结后，费德勒展开了两个月的休假，期间他错过了迈阿密大师赛和蒙特卡洛大师赛，直到马德里大师赛才重返球场，不过他在第三轮被日本人锦织圭淘汰﹔紧接的罗马大师赛败给納達尔屈居亚军﹔来到法网，于第四轮苦战五盘下，以6–1, 4–6, 2–6, 6–2, 6–3力压克星之一的东道主球手西蒙，惊险晋级四分之一决赛兼取得职业生涯第900场单打胜仗﹔但被另一位东道主球手特松加以直落三盘的比分淘汰，后者亦报了澳网出局的一败之仇。
至此，费德勒开季半年未尝一冠，为其职业生涯最差，直至在哈勒站决赛击败米哈伊尔·尤兹尼夺标后锦标荒才被打破﹔但随后的温网却爆出惊天冷门，第二轮被乌克兰球手谢尔盖·斯坦高夫斯基淘汰出局，终止了他连续36次打进大满贯四分之一决赛这个横跨整整九年的纪录﹔亦令他的世界排名跌至十年新低的第五位。
夏季硬地赛事前，费德勒宣布参加德国公开赛和瑞士巴斯塔德公开赛，以争取更多的分数取得参与年终赛资格。不过分别在半决赛和十六强出局，后退出加拿大大师赛。至于辛辛那提大师赛，四分之一决赛再次败予納達尔，至此，世界排名跌至十一年新低的第七。美网，他被列位第七种子，这是他自02年以来首次在四大赛未列前三种子，最终也在第四轮以直落三63-7、3-6、4-6败给第19种子托米·罗布雷多，止步十六强，亦是他自02年以来首次无缘晋身其中一项四大满贯赛事决赛。
上海大师赛，与中国球手张择出战双打，但在第二轮不敌最终夺冠的组合多迪格和梅洛﹔单打方面则在第三轮被蒙菲斯淘汰。至于巴塞尔室内赛，决赛负于德尔波特罗。巴黎大师赛，晋身十六强后锁定年终赛资格，战至半决赛被德约科维奇淘汰。年终赛方面，半决赛再被老对手納達尔淘汰，后者取得双方在这项赛事交手的首场胜利，费德勒这年的世界排名以第六位作收，为2002年来最低。
该季费德勒因在三月的印第安维尔斯站和七月的汉堡站赛事中分别拉伤背部，困扰长达七个月之久至十月而令战绩大幅下滑。其中在温布尔登的过早出局让他损失了巨大积分，世界排名也跌至2003年以来新低的第五，随后持外卡参与汉堡站和瑞士古斯塔德公开赛（英语：Swiss Open (tennis)）赛事以争取积分入围年终赛，不过两项赛事均未能夺标，其中后者更在次轮便早早失利，美网系列赛期间只有第七的世界排名和在美网第四轮毕业的惨淡战绩也略为加深了积分上的损失，亦令他自2002年以来首次无绿其中一项大满贯赛事的决赛，直至最后一站的巴黎大师赛时才锁定年终赛资格。
不少人皆认为，费德勒该年的表现象征着四巨头的瓦解，外界的质疑令费德勒在低潮期时选择试用拍面较大的新球拍出战赛事，至次年正式改用，再加上聘请自己的儿时偶像斯特凡·埃德贝里当教练，这两方面果断作出的改变造就了他下季的复苏。
W：冠军； F：亚军； SF：半决赛； QF：四分之一决赛； #R：前四轮；RR：小组赛； LQ：止步资格赛；A：缺席；P：比赛延期；Z#：戴维斯杯/联合会杯组别赛 （#表示级别);PO：参与戴维斯杯/联合会杯附加赛；SF-B ：奥运会铜牌；F-S：奥运会银牌；G：奥运会金牌；NMS：非ATP1000大师赛系列；NH：该赛事本年度未举行；NQ：未入围。
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下表为费德勒2013年的单打赛程﹕
费德勒在2013年赛季录得45胜17负的战绩（胜率为72.58%），对战世界排名前十名的选手记录则是4胜10负（胜率为28.57%）。以下为全年对战总记录﹕
不同赛事奖金单位不同，无特别说明均以美元为单位。
