哈立德·谢赫·穆罕默德（阿拉伯语：خالد شيخ محمد，英语：Khalid Sheikh Mohammed，生于1964年3月1日或是1965年4月14日）是美国在押囚犯，被指控策划恐怖行动，包括大规模屠杀平民。他被美国军事委员会指控战争罪和谋杀罪，若罪名成立他将面临死刑。
根据CNN对情报专家罗翰古那拉特纳的采访“当时丹尼尔珍珠正在对基地组织在卡拉齐的网络进行调查，哈立德·谢赫·穆罕默德下达了暗杀命令。”2006年10月12日，时代报道“默罕默德”在CIA审问下交代了谋杀2007年3月15日，五角大楼发表声明默罕默德承认谋杀。声明引证了默罕默德的话“在巴基斯坦卡拉奇，我将美籍犹太人丹尼尔珍珠斩首并用祝福的右手拿他的头。作为证明，在互联网上有我手持他头的图片。”
哈立德·谢赫·穆罕默德是本·拉登的基地组织成员，他居住在科威特而不是阿富汗，于1999年左右参与基地组织的行动。911事件调查组断言他是911事件的主要策划者。他也坦言参与谋划的过去二十年大多数的恐怖袭击，包括1993年世界贸易中心爆炸案，波金卡计划，夭折的2002年联邦银行大厦（洛杉矶）袭击计划，巴厘岛俱乐部爆炸案，失败的2001年鞋底炸弹计划，千禧年攻击计划（2000年），还有谋杀丹尼尔·珍珠。
2003年3月1日，哈立德·谢赫·穆罕默德在巴基斯坦拉瓦尔品第被巴基斯坦三军情报处抓捕，此次行动可能得到了美国外事安全部门的协助，并一直被美国关押。2006年9月，美国政府宣布将他从秘密监狱移送关塔那摩监狱。红十字会，人权观察组织指责美国当局粗暴对待他和滥用水刑.
2007年3月，经过4年的囚禁包括在关塔那摩6个月折磨哈立德·谢赫·穆罕默德承认策划911事件，理查德里德鞋底炸弹企图炸毁大西洋上空航班事件，印尼巴厘岛俱乐部爆炸案，1993年世界贸易中心爆炸案和各种袭击。
2008年11月8日，默罕默德和4名共犯向军事法庭表达了他们愿意承认并服罪。
默罕默德最初的劫机计划是基地组织劫持从东，西海岸起飞的飞机并撞向目标。他的计划受到波金卡计划（10架或更多的飞机在中途引爆或被劫持作为‘导弹’）的启发。本·拉登拒绝了默罕默德提出一些可能目标，如美国联邦银行（洛杉矶），本·拉登在2001年12月一份录音带中指出了美国的金融的腐败，并预言了金融海啸，就没有必要浪费圣战烈士攻击银行等机构。
1999年春，默罕默德·本·拉登和他的军事首领默罕默德·阿提夫多次会面,本拉登作为领袖，并提供财政支持。本·拉登参与面试劫机分子，包括推选默罕默德阿塔作为劫机者头领。
