马耳他航空（Air Malta）是马耳他的国家航空公司，总部及枢纽均位于马耳他国际机场，服务欧洲及北非合共36个城市。
二次大战之后，数间小型私营航空公司在马耳他成立，分别是Malta Instone Airline、BAS（马耳他）有限公司及Malta Airways。在1947年，前两间公司因竞争剧烈而合并为Air Malta Ltd。1951年，Malta Airways在与英国欧洲航空的合同下，把所有Air Malta Ltd的营运吞并，并继续营运至1973年。Air Malta Ltd的拥有人沿用他们的物业、员工及设备，并成立名为马耳他民航服务（Malta Aviation Services，MAS）的地勤服务公司。
1970年代初，马耳他政府邀请一些有合作伙伴关系的国际航空公司，成立一间航空公司；巴基斯坦国际航空被选中，新航空公司随之而成立。新成立之航空公司于1973年3月31日成立，的名字是马耳他航空有限公司（Air Malta Co Ltd），与承先者相似；英国欧洲航空继续营运马耳他的航班，直至马耳他航空首个航班在1974年4月1日投入服务为止。与此同时，Malta Airlines和Malta Aviation Services双双被政府接管。
马耳他航空在营运初期，湿租2架波音720B客机，服务马耳他往返罗马、的黎波里、伦敦、曼彻斯特、法兰克福及巴黎的航线，稍后再购入3架同款飞机，并把原本湿租的2架也一并购入。
1981年，湿租了3架波音737-200，1983年，3架新购入的737-200投入服务，再于1986年增购3架。1987年，马耳他航空首次订购空中客车A320飞机，再于1989年获得1架A320之选购权。1992年，订购了3架波音737-300客机及4架Avro RJ70，新增4个新航点：卡塔尼亚、巴勒莫、突尼斯、莫纳斯提尔。
新马耳他国际机场于1992年启用后，马耳他航空创立了货运系统（CargoSystems），机队开始同时担当客货运角色。1994年，马耳他航空货运中心正式成立。
2002至2007年期间，马耳他航空展开更新机队计划，全数更换为A319及A320，令平均机下降至2.5年；整批飞的最后一架是A320（编号：9H-AEQ），于2007年3月22日投入服务。
马耳他航空与其他191间IATA成员的航空公司有票务合同，根据欧洲航空公司协会在2006年首季回顾资料，马耳他航空是各会员航空公司中，行李损失率是最低的，每1000名乘客中，只损失4.1件行李。
马耳他航空共有雇员1,547人，股权分布为：马耳他政府（98%）、私人投资者（2%）。马耳他航空亦持有Medavia的25%股份。.
截至2009年7月，马耳他航空的目的地如下：
马耳他航空的机队如下：
1988年12月，泛美航空103号班机在英格兰洛克比上空被塑胶炸弹炸毁,而这个炸弹是由马耳他航空180号班机转运至泛美航空的班机上的。
1997年6月9日，马耳他航空830号班机，机型波音737-2Y5（编号：9H-ABF）被2名土耳其人骑劫，飞机在科隆安全降落，2名劫机者被德国警方拘捕，机上所有人员安然无恙。
马耳他航空自1973年成立以来，从未发生过有人伤亡的意外，可说是安全记录最好的航空公司之一。
