盐水港厅（えんすいこうちょう ）为台湾日治时期行政区划之一，设立于明治三十四年(1901年)至1909年，范围东至三脚南山系，西至台湾海峡，南至曾文溪，北至八掌溪、冻仔顶山系，厅治设于盐水港街，下辖店仔口、前大埔、北门屿、蔴豆、六甲、萧垅、新营庄（后新设布袋嘴）等七支厅，支厅下设盐水港、顶潭、菁藔、旧营、新营、查亩营、果毅后、店仔口、安溪藔、海丰厝、番仔丰、番社、前大埔、蔴豆、藔仔部、茅港尾、安业、佳里兴、萧垅、沤汪、下营、西港仔、塭仔内、北门屿、学甲、中洲、六甲、官佃、内庄等29区。
盐水港厅之管辖区域为现今台南市曾文溪以北的地区以及嘉义县西南侧。
1901年11月，因“总督府─县、厅─辨务署”之制度在行政事务上欠缺灵活 ，故废止“三县四厅”和辨务署，将地方行政区划改为“二十厅”，将原台南县划分为嘉义、盐水港、台南、蕃薯藔、凤山、阿猴等六厅。盐水港厅下辖新营庄、前大埔、店仔口、北门屿、蔴豆、六甲、萧垅支厅，地区涵盖盐水港堡、白须公潭堡、下茄苳北堡、下茄苳南堡、太子宫堡、铁线桥堡、龙蛟潭堡、哆啰啯西堡、哆啰啯东下堡、哆啰啯东下堡、果毅后堡、赤山堡、善化里东堡、善化里西堡、蔴豆堡、茅港尾东堡、茅港尾西堡、佳里兴堡、萧垅堡、沤汪堡、西港仔堡、学甲堡、大坵田西堡。
1902年4月，开始新营庄与嘉义间的铁道运输。同年10月，盐水港厅直辖旧营区的“孙厝藔仔庄”、“新厝仔庄”和“羊稠厝仔庄”改隶于北门屿支厅顶溪州区；新营庄支厅果毅后区的果毅后堡之“山猪陷庄”、“占山庄”、“望仔埔庄”、“鸟湖庄”及哆啰啯东下堡之“二重溪庄”改隶于前大埔支厅前大埔区；盐水港厅直辖后菁藔区的下茄苳北堡“后壁藔庄”和“下茄苳庄”改隶于店仔口支厅海丰厝区；北门屿支厅中洲区的学甲堡“三藔湾庄”和“芦竹沟庄”改隶于北门屿支厅北门屿区；蔴豆支厅佳里兴区的佳里兴堡“同安藔庄”改隶于萧垅支厅萧垅区；萧垅支厅西港仔区的西港仔堡“打铁庄”和“土库庄”改隶于蔴豆支厅后营区；蔴豆支厅后营区的西港仔堡“双张廍庄”和“下面厝庄”改隶于萧垅支厅西港仔区。
1904年3月，嘉义厅下大坵田西堡内田庄、考试潭庄、布袋嘴庄、前东港庄和新塭庄划入盐水港厅；同月，盐水港支厅下的街庄整并为3街218庄（三街为盐水港街、店仔口街和番社街）。
由于布袋港为盐水港厅唯一的港口，船只出入频繁且为制盐的重地，在当地设有专卖局布袋支局，其在军事上亦具有与澎湖的马公要港部相呼应的位置；另外，因新营庄与盐水港间新设的铁道使两地交通来往便利，故渐无设置新营庄支厅的必要性。1906年3月，新营庄支厅废止，其所属街庄并入盐水港厅直辖、六甲和店仔口支厅，并新设布袋嘴支厅；且蔴豆支厅管辖之佳里兴堡新宅庄在考量地形上的方便性后，改隶属萧垅支厅。
明治42年(1909年)10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，盐水港厅废止，盐水港、店仔口、前大埔、布袋嘴等地并入嘉义厅，北门屿、蔴豆、六甲、萧垅等地并入台南厅。1920年，台南州成立，盐水港支厅、店仔口支厅、前大埔支厅合并为新营郡，郡治设于新营街，代表纵贯线铁路经过的新营已接替盐水之地位，成为区域中心。
以下为1908年底，盐水港厅下现住人口数超过三千人之街庄：
台北县 · 台湾县（1895年改为台湾民政支部，1896年改为台中县） · 台南县（1895年－1896年改为台南民政支部） · 澎湖岛厅
台北县 · 新竹县 · 台中县 · 嘉义县 · 台南县 · 凤山县 · 宜兰厅 · 台东厅 · 澎湖厅
台北县 · 台中县 · 台南县 · 宜兰厅 · 台东厅 · 澎湖厅 · 恒春厅（1901年由台南县分出）
宜兰厅 · 基隆厅 · 台北厅 · 深坑厅 · 桃园厅 · 新竹厅 · 苗栗厅 · 台中厅 · 彰化厅 · 南投厅 · 斗六厅 · 嘉义厅 · 盐水港厅 · 台南厅 · 凤山厅 · 蕃薯藔厅 · 阿缑厅 · 恒春厅 · 台东厅 · 澎湖厅
宜兰厅 · 台北厅 · 桃园厅 · 新竹厅 · 台中厅 · 南投厅 · 嘉义厅 · 台南厅 · 阿缑厅 · 台东厅 · 花莲港厅 · 澎湖厅
台北州 · 新竹州 · 台中州 · 台南州 · 高雄州 · 台东厅 · 花莲港厅 · 澎湖厅（1926年由高雄州分出）
