天主教朱巴总教区(拉丁语:Archidioecesis Iubaensis)是罗马天主教会以南苏丹共和国首都朱巴为中心的一个教省总教区,下辖六个教区。
总教区范围包括该国南部和中赤道省大部分地区;2006年时有459,703名教友,十一个堂区和三十八名司铎。现任总主教为斯德望·阿梅尤·玛尔定·穆拉(德语:Stephen Ameyu Martin Mulla),辅理主教为桑托·罗库·庇护·多格拉(英语:Santo Loku Pio Doggale),荣休总主教为保禄·卢库杜·罗洛(英语:Paulino Lukudu Loro)。主教座堂为圣德勒撒主教座堂。
杰贝勒河宗座监牧区于1927年7月14日设立,1951年4月12日升为宗座代牧区,1961年5月26日易名为朱巴宗座代牧区。1974年12月12日升格为总教区。