新制度经济学（英语：New institutional economics，缩写为NIE），经济学的分支之一，将更早的制度经济学与新古典主义经济学的架构，应用于构成经济活动底层基础的社会与法律规范分析之上。它侧重于交易成本的分析，交易成本是指在建立商品交易过程中，没有被易主而损耗掉的成本，譬如讨价还价花去的精力与时间，为防止受骗而采取的保险措施等，这些举动花费的成本都是交易成本，因为其范围涵盖太广泛，至今具体的定义仍有很多说法。
“新制度经济学”一词最早在1975年由奥利弗·威廉姆森所确立。在1937年罗纳德·科斯提出的论文──《公司的本质》，被视为是交易成本理论的奠基者，科斯在该书中把企业内部的行政指令运作花费而花费的成本看做“内部交易成本”，把企业在市场上购买/出售服务/产品过程中采购和营销费用看成"外部交易成本"，这两个成本相等时可确定企业与市场的边界。
虽然新制度经济学源于罗纳德·科斯对于制度架构和交易成本（交易费用）在经济活动中扮演角色的重要而深入的看法，但当今的新制度经济学已建立在更要复杂的方法论原则和判准之上。他们虽然常常关注效率以及分配的问题，但已远离了主流新古典经济学和“旧的”制度经济学，并且在其他社会科学领域中产生较为明显的影响。
美国经济学家奥利弗·威廉森和埃莉诺·奥斯特罗姆因在经济管理分析方面所作的贡献而获得2009年诺贝尔经济学奖。威廉森是“新制度经济学”的著名学者。威廉森的研究表明，市场和诸如公司等层级组织代表着不同的治理结构，在解决利益冲突方面采取了不同的方法。威廉森著作较多，包括《资本主义的经济制度》等。
与制度经济学相比，新制度经济学采用新古典主义的数学工具，较少使用价值判断；与主流新古典经济学相比，新制度经济学主要研究小范围的具体事件中出现的交易成本和边界分析，在分析诸如某一宗垄断、行政、法律案件时，往往能给出比较好的建议，而新古典经济学只是开发数学模型，较少讨论实际经济现象。
