维吾尔人是巴基斯坦的一个小族群。
维吾尔人和塔吉克人一样，一些成员居住巴基斯坦北方，巴基斯坦前身英属印度是他们商团活动地区的一部分。一些维吾尔人在旁遮普邦北方居住和置仓存货，定期往返喀什噶尔，叶尔羌。另一些人在20世纪40年代出于对共产主义迫害的恐惧，1954年在于阗起义失败几百人逃到巴基斯坦。在1963年和1974年又出现移民浪潮。
在20世纪80年代开始，巴基斯坦开始成为一个重要的朝觐中转站，他们有些继续到沙特阿拉伯与埃及的伊斯兰学校读书，但他们不回中国仍留在巴基斯坦。截至2009年，社区领袖估计，他们的总人数有3000人在吉尔吉特，另外2,000人在拉瓦尔品第，100与800人在边境城镇苏斯特的喀喇昆仑公路，其余遍布该国其他地区。另外100人是住在拉合尔。
他们在中国眼中是支持疆独的分裂主义者，中国宣称有些东土耳其斯坦伊斯兰运动成员在拉合尔避难。在1997年，14名具有中国国籍的维吾尔族学生在巴基斯坦被递解回中国后，他们支持伊宁二五事件，国际特赦组织称他们被处决。2009年，在瓦济尔斯坦的另外九个维吾尔人被引渡回中国（被指和盖达有关）。
许多维吾尔人在巴基斯坦经营小生意。近年来他们已经进入了进出口领域，维吾尔人在巴基斯坦转售从中国购买的陶瓷，纺织品和其他产品。维吾尔社区融入巴基斯坦社会，异族通婚是常见的，他们最喜欢讲乌尔都语，而不是维吾尔语。然而，有些巴基斯坦籍男子向维吾尔族妇女的调戏行为已经引起紧张。当地人有时也察觉维吾尔人有些偏执的假定“中国间接通过巴基斯坦当局对他们进行”迫害“。尽管接受巴基斯坦国籍和福利，部分维吾尔人也声称中国国籍，和利用“流亡者”身份继续寻求庇护或迁移各西方国家机会。
