巴斯克自治区政府(巴斯克语:Eusko Jaurlaritza,西班牙语:Gobierno Vasco)是西班牙巴斯克自治区地方政府。自治区政府主席被称作“伦达卡里”(Lehendakari),由巴斯克自治区议会代表以多数制产生。巴斯克自治区政府总部位于阿拉瓦省的维多利亚。
1936年10月1日,西班牙共和国议会通过巴斯克自治法案,第一届巴斯克政府宣告成立。它由巴斯克民族主义党何塞·安东尼奥·阿吉雷领导,获得了内战中与国民军作战的所有政党联盟支持,其中包括人民阵线、工人社会党和共产党等共和派团体。毕尔巴鄂陷落后,政府迁到巴塞罗那,最终流亡至法国。佛朗哥去世及西班牙民主转型后,1979年国会通过了巴斯克《自治权法令》,同年流亡政府正式解散。1980年,新的巴斯克自治区政府宣告成立,取代了过渡期设立的巴斯克总委员会。卡洛斯·加赖科切亚是新政府的首任主席。