日本原子能研究开发机构（英语：Japan Atomic Energy Agency, 日语：日本原子力研究开発机构, 缩写: JAEA）成立2005年10月1日，由前两个半政府组织的合并。虽然它继承了PNC和JAERI两个组织的活动，它也继承JAERI的绰号，“Genken”原研，缩写意为“核研究”。它是原子能有关的国立科研行政法人。
2007年4月10日，JAEA正式加入全球核能伙伴关系联盟（英语：Global Nuclear Energy Partnership）(GNEP)。在联盟的其他成员是法国阿海珐，华盛顿国际集团（英语：Washington Group International）和BWX。据预计，从六所村离心机浓缩厂获得的经验将是JAEA的一个重要贡献。
下面是它的活动的不完全名单，按地点来分类。
JAEA拥有位于茨城县东海村的多种设施，这里是日本核研究的第一个中心。目前，JAEA已扩大到在茨城县以及全日本的几个其他地点。
JAEA在福井县敦贺市另一个总部基地。它拥有快中子增殖反应堆中心和研发中心。
大洗研发中心（大洗研究开発センター）位于茨城县大洗町，接近于但不是在同一个地点东海村。它安置Jōyō核反应堆（英语：Jōyō (nuclear reactor)）(试验的钠冷快中子反应堆)，日本材料试验反应堆（英语：Japan Materials Testing Reactor），新的高温实验核反应堆（英语：HTTR）（HTTR），反应环境监测中心，和儿童博物馆。
这是一个小型的铀提炼和转化工厂，以及位于冈山县上斋原的小型离心浓缩示范厂。该中心研究应对核燃料循环的前端问题。
