台湾总督府立医院，是指台湾总督府直辖的医院，由中央出资建设与管理。其包含一般医院，以及针对特殊疾病，如结核病、痳疯病，和精神病所设的疗养院所。
台湾日治时期官设医院始于1895年6月在台北市大稻埕千秋街设置的“台湾病院”；隔年5月，台湾病院改称“台北病院”，并在台中厅、台南厅亦设立病院。之后因地方首长陈情，于同年6月在淡水、基隆、新竹、宜兰、鹿港、苗栗、斗六、埔里社、嘉义、凤山、澎湖设立病院，并在恒春、台东设立诊疗所。1898年6月，台湾总督府公告医院官制，将由地方县厅管辖的病院改隶于台湾总督府之下，由于经费限制，将部分医院裁撤，台中病院的埔里社和彰化即废止，并在同年设立台中医院斗六分院。1903年，斗六分院废止。1910年增设花莲港医院。1911阿缑医院设立后，裁撤凤山医院。1914年设立打狗医院。台北医院于1938年4月移交给台北帝国大学医部附属医院。1940年成立花莲港医院玉里分院。
府立医院设立当时，皆借用既有的民宅、寺庙或官署使用。至1904年，医院才全数新筑及搬迁。
基隆医院，大门为旧件
台南医院遗迹
松山疗养所设立于1914年，位于台北市南港区昆阳街，为台湾第一个结核病疗养院。最初称为锡口养生院，原由台北州管辖，于1924年3月由总督府直辖。战后作为省立结核病防治院。
乐生院于1930年10月开院，位于新北市新庄区中正路794号。现在为卫生福利部乐生疗养院旧院区。
养神院于1934年10月完工，位于台北市虎林街，原址为住宅。收容人数为100人。战后为省立五分埔疗养院，于1970年代迁至卫福部桃园疗养院现址`。
