卓肇昌（闽南语：Toh tiāu-tshiong，？－？），字思克，台湾清领时期凤山县人，乾隆十五年（1750年）举人，曾出任屏山书院山长，并参与编撰《重修凤山县志》，著有多首竹枝词传世。
卓肇昌父亲卓梦采为清朝秀才，早有文名，作有〈凤岫春雨〉，且性情正直良孝，常行医济世。康熙六十年（1721年）朱一贵事件爆发，卓梦采曾悍然拒绝朱一贵招募，乱平后得获知县陈志泰高其行谊，颁赠“儒林芳标”一匾事迹而留名。卓肇昌自幼承父亲庭训，乾隆五年（1740年）考取秀才，乾隆十五年（1750年）中举人（乾隆庚午科蓝彩琳榜），朝廷本将卓肇昌拣发为知县职（知县候补人选），但由于地方官员人数过多，卓肇昌无法就职，仅能出任屏山书院山长。乾隆二十七年（1762年），时任凤山知县王瑛曾发起《重修凤山县志》的编纂，并延请同具举人身份的黄佾与卓肇昌担任该方志的参阅。
卓肇昌从自宅进入凤山县城的屏山书院督课数十载，途中常经行莲池潭赏景，卓氏在教学生涯尚留下“龟山八景”的纪录，分别是“山岚曙色、层岩晚照、雨中春树、疏林月霁、晴峦观海、古寺薰风、登峰野望、寒夜啼猿”等语句供后人怀想追思，传诵至今。
卓肇昌所作诗、文、赋和竹枝词作品均收录于《重修凤山县志》中。卓氏作品多自南台湾的地景、历史、传说中取材，曾著有《栖碧堂全集》，但今已不存。连横在《台湾诗乘》一书中，谈论台湾文人甚少有出版文集的现象，有留存至今的多收录于方志，其中《凤山志》收录较广，但佳作不多，连横仅给予卓梦采、卓肇昌父子作品较高的评价。
相传一名菜贩在前往左营卖菜的途中，乍见卓肇昌行色匆匆驾马奔驰而来，卓肇昌在菜贩面前停下，请托菜贩通知他的家人他即将赴往梓官上任的消息，便策马离去。菜贩抵达左营卓家后，才得知卓肇昌早已在前晚过世的消息，享寿54岁。同一时间，梓官发生一件僵持不下的土地纠纷案件，知县无法解决，原本请托池府千岁主持公道，因池府千岁不善解决诉讼官司，转请城隍爷审理，案件旋即顺利迎刃而解。此事传开后，梓官的百姓便将原千岁庙的主神改成城隍爷，并且一般咸信梓官城隍庙的城隍爷，便是卓肇昌身后而来。
