土城仔香由土城正统鹿耳门圣母庙所主办，逢农历丑、辰、未、戍年三月中旬:133举行科醮，为南瀛五大香之一。2013年1月，经台南市政府核定为台南市定民俗活动。
土城仔香醮是安南区唯一的妈祖进香活动。鹿耳门妈原本参加西港庆安宫主办的西港香，从1856年起出巡西港仔堡，庆安宫的香醮前往鹿耳门妈祖庙谒祖请水。同治年间庙殿遭洪水冲毁后，除在鹿耳门溪请水外，又到土城仔炉主处进香、请火。1958年戊戌科醮，庆安宫另请朝天宫“北港妈”作为主醮，依往例至土城谒祖进香，鹿耳门妈旨示不允前往。但信众误解其意，仍强行抬举出巡大妈圣驾前去。第三天达境收香案返庆安宫后，鹿耳门妈不肯入驾王府；经西港五大老跪请，圣母显灵起驾，直冲入王府横扫后连夜返驾土城。事后土城信众停止与西港庆安宫的往来。1961年岁次辛丑，正统鹿耳门圣母庙凝聚青草仑“蜈蚣阵”、郭岑寮“金狮阵”、虎尾寮“宋江阵”等地阵头及曾文溪下游信众力量启建“土城仔香醮”，每逢丑、辰、未、戍年农历三月举行，三年一科:132:50-52。
通常仪式开始数月前即会开始遴选五大主会炉主并成立香醮委员会，筹画本届香科内容，并由“鹿耳门妈”来择定各仪式详细日期。:160
任会首的醮主们参加醮坛内的科仪法事。醮坛内摆放参加鉴醮的神尊，启鼓入醮后迎请“文馆妈”坐镇“三界坛”，“武馆妈”坐镇“三清坛”，由两位文武馆妈祖负责主醮。:160
入醮前须进行“请王”仪式，打造“王府”让代天巡狩的五府千岁及主坛神祇驻驾。:41
因圣母庙的“王船”是1913年自泉州应“鹿耳门妈祖”邀请而来，故不焚烧，只祭不送。故若在香科前夕王船内置有前次祭祀的祭品，须先行清仓整理。:29
香科前一个月左右，圣母庙与其辖下各角头会依庙宇座向分两天竖立灯篙，用于昭告神明前来参加盛事，并招引无祀孤魂前来接受普渡，为祭典期间重要的标帜。:118
“取水”与“出坞”多在相近时辰，王船出坞以前会恭请神祇回船上安座，并举行开光仪式。之后庙方会请神舆带领各会首到“古鹿耳门妈祖宫”遗址祭祀后求取祖庙之圣水，除了“请神”的意义外，也作为“王船出坞”之“开水路”仪式使用。
恭请圣母庙友宫神尊莅临作客、参加鉴醮，请佛的对象都是与圣母庙有深厚渊源的庙宇。请佛仪式会在香科前三天上午，由圣母庙辖内的阵头前往庙宇迎请，傍晚回到圣母庙后再恭请上座举行祀典大宴。
即为五朝祈安清醮之首日，举行“引鼓入醮、启斗点灯”科仪。下午蜈蚣阵至圣母庙绕庙三圈完成仪式后，举行“送火王”仪式，在行台衙门前以祭仪请求祝融远离。晚间以八抬大轿恭送火王爷，前往安中路五段的鹿耳门溪畔。回到圣母庙后进行“请王大典”：先“焚油除秽”，再为会首、工作人员与信徒“过火除秽”，然后进行“请王”，五府千岁返驾后，“五王殿”即成为醮典中的“王府”。
每科香路略有变动，大致上以曾文溪两岸附近的庄头为主。主要由鹿耳门圣母庙“镇殿大妈”挂帅出巡，每日会再择请五府千岁其中一位陪同鹿耳门妈出巡。出巡日之清晨六时便于王府内圈“路关”盖印，先锋官“学甲寮慈兴宫”进入衙门领旨，其他参与出巡绕境之友宫随即依序参拜，参加出香的友宫神轿全部离开后才会轮到主帅轿“鹿耳门妈”銮轿启程。:29-30,84在刈香进行的同时，庙内也会进行为期三天的“消灾祈安”醮仪，以及庙内、庙外各项仪典如放水灯、普渡、敬献等。
清醮最后一天，各主会赏兵谢坛，并在数日内接续进行“王船入坞”、“谢灯篙”、“谢王府”等仪式作为土城仔香的收尾。:163
土城仔香由下列十一角头各别举办的地方文武阵头组成:136,157:25:120：
