中央研究院原子与分子科学研究所(Institute of Atomic and Molecular Sciences, Academia Sinica),常简称为原分所,是中央研究院辖下的研究机构。该研究所现位于国立台湾大学校总区内。
1982年7月,第15届中央研究院院士会议举办期间,李远哲等15人连署要求成立原子与分子科学研究所并获得同意。同年12月原分所筹备处成立,由张昭鼎担任首任筹备处主任。1995年4月改制为正式研究所。
原分所内分为化学动态学与光谱组、尖端材料与表面科学组、生物物理与分析技术组和原子物理与光学组。