肛门是兽亚纲动物消化系统消化道的最末端，在直肠延伸至体外的开口处，是粪便排遗和消化系统废气（屁）的出口。由于其与排泄相关，有时也被归类到排泄系统（英语：Excretory system）的一部分。
肛门的主体部分是由肛门内、外括约肌组成的括约肌复合体。
肛门内括约肌是直肠环肌层的延续，属平滑肌，呈珠白色，其上界与肛管直肠肌环平面齐平，下达括约肌间沟。
肛门内括约肌的肌束呈椭圆形，并呈叠瓦状排列，上部纤维斜向内下，中部逐渐呈水平，下部部分纤维略斜向上。
肛门内括约肌的下端最肥厚，形成一条清楚的环状游离缘，有联合纵肌的弹性纤维环绕。
肛门外括约肌是肛管的最外层肌肉，属横纹肌，受体神经支配，可大致分为浅层和深层。
浅层为椭圆形肌束，围绕肛管两侧，一端止于尾骨尖，另一端止于肛门前侧会阴部的会阴浅横肌。
深层为环形肌束，围绕肛管一周，两端分别止于肛门两侧的坐骨结节。
平时肛门的内、外括约肌呈收缩状态，关闭肛门，防止直肠内的粪便、液体、气体流出，并维持直肠内一定的张力，此时外观可见许多放射形的皱襞。
大部分情况下，肛门闭合依靠内括约肌的收缩维持，而在产生便意感时，如果外界条件不允许排便，则通过外括约肌的收缩来闭合肛门。
相对于内括约肌，外括约肌容易疲劳，维持收缩状态的时间一般为55秒左右。
当直肠内充满粪便时，在环境许可的情况下，大脑产生排便反射，使直肠产生蠕动，推动粪便向肛门的方向移动，此时内、外括约肌开始松弛，肛门张开一个小口。
在粪便前端对括约肌的持续刺激下，肛门的开口也逐渐增大；当开口达到最大时，外观呈圆形，直径为2~3厘米，粪便得以通过开口排出。
一段粪便排出体外后，外括约肌收缩，肛门重新闭合，直到下一段粪便到来为止。不过外括约肌也可能会过早收缩，将尚未完全排出的粪便夹断。
肛门被大部分人视为隐秘部位，其影像被许多国家视为色情的影像，需要经过马赛克处理。
在医学上，肛门也是一种用于检查的部位，如肛温检查，亦可用于检察新冠肺炎，另外，肛门也能用于治疗便秘如肛门筛剂等。
肛门是生殖器附近的性敏感部位，被部分人群用以进行肛交。
人类可以将物品从肛门塞入以运送物品，通常用于走私金钱、毒品或其他违禁品。清朝末年大内银库库兵经常用肛门夹带白银。现代贩毒集团亦有采用肛门藏毒的方式远距离贩运毒品，以图逃避毒品夹带的检查。
肛门在中文里又可以称“魄门”、“后阴”、“谷道”，俗称“屎眼”、“屁眼”、“腚眼”、“尻洞”、“尻穴”、“菊花”等。
其中将肛门俚称为菊花，是受肛门外括约肌外观影响，肛门外观有放射状横纹，看起来像开放的菊花，故名。这种称呼广泛用于网络中，主要是调侃、戏谑的用法。
这一用法，不仅仅流行于普通网民，主流媒体也有使用，如对英国猎奇食物edible anus（直译：可食的肛门）的报道中就将其翻译成了“可食菊花”。
起源已不可考，但日本众道（日本古代一种男同性恋形式）若道等男同性恋盛行之时曾有人撰文《菊花之恋》（或《菊花之约》，上田秋成在1776年刊行），此用法经由台湾变异后传至大中华地区，可能是词语来源。目前还知日语中，菊门（きくもん）是肛门的俗称，日本漫画家臼井仪人的作品《蜡笔小新》、《妙不可言》在台湾出版时，已将肛门翻译成菊花。
