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黄檗宗的名字来源于唐代僧人黄檗希运和福建福清的黄檗山万福寺。1654年，福州福清万福寺的临济宗僧人隐元隆琦受邀前往日本弘法。万治元年(公元1658年)，隐元谒见幕府将军德川家纲，家纲甚为敬重，赐赠金衣。宽文元年(公元1661年)，幕府钦赐山城宇治之地，恳请隐元建寺弘扬祖风，即于同年五月施工兴建，寺名亦为“黄檗山万福寺”，遥尊福建黄檗山的祖庭为“古黄檗”，以别于此地的“新黄檗”。是年，隐元于晋山陞座典礼上赋诗道：“新开黄檗壮禅机，正脉流传海外奇”。
隐元认为自己就是临济宗的僧侣，参照圆尔、无学祖元等无准师范一系的临济宗学说，他称之为“临济正宗”，但与唐代传入日本的临济宗有所不同，所以时人称之为黄檗宗，其宗风融合了华严宗、天台宗、净土宗等宗派，具有明代的禅宗特色。
隐元著有《黄檗清规》，对当时日本禅宗各寺庙的戒条影响甚钜，后曹洞宗卍山道白（日语：卍山道白）在宗门改革中，就以《黄檗清规》作为重要参考。
隐元的禅法在上流社会大兴，以后水尾法皇为首的贵族与公卿、以幕府要人为首的实力武家们，以及仕绅名流相继皈依黄檗宗。在江户幕府的保护下，黄檗宗得到了各地大名的支持。隐元隆琦的再传弟子铁眼道光又致力于社会公益和民间教化，其势力逐渐壮大。
1874年，明治维新的教部省将“禅宗”定为临济、曹洞二宗，强制下令将“黄檗宗”更名为“临济宗黄檗派”。1876年，黄檗宗从临济宗中独立出来。
