孔氏南宗，是北宋末年以后在迁徙到中国浙江衢州的一支孔子后裔。
靖康之难后，建炎二年（1128年）十一月，宋高宗赵构于扬州行宫举行继统后首次祀天大典，衍圣公孔端友与堂叔孔传奉诏陪位。孔端友返回曲阜后，因金兵大举入侵，遂恭负传家宝“孔子及亓官夫人楷木像”（据传为子贡亲手雕刻）、“唐吴道子绘孔子佩剑图”和“至圣文宣王庙祀朱印”等，与部分族人南迁，后家于浙江衢州。其子孙孔玠、孔搢、孔文远、孔万春、孔洙依次承袭衍圣公，史称南宗。
元朝灭南宋后的至元十九年（1282年），元世祖议立孔子后，以寓衢者为大宗，欲召孔洙回曲阜袭封奉祀。孔洙称先代庐墓在衢州，不忍离去，乃辞让。元世祖大加赞赏，称孔洙“宁违荣而不违亲，真圣人后也”。于是下诏免去孔洙的衍圣公爵号，任命其为国子祭酒、承务郎，兼提举浙东学校事，并赠给保护南宗林庙的玺书。同时，为避免南北两宗发生争执，又制定了《整治孔子弟子违犯家规》，既不许违犯圣朝授爵制度，亦不准背忘孔洙德让之风范。南宗失去爵位后，地位日衰，一度猥如庶氓。
弘治十八年（1505年），衢州知府沈杰拟〈为条陈孔氏家规以彰圣教〉，上奏明孝宗，“乞将衢州孔端友子孙一人，添授以世袭翰林院五经博士一员，以主家庙祭祀”。明武宗正德元年（1506年），遂册封五十九代孙孔彦绳为正八品翰林院五经博士，子孙世袭。
民国二年（1913年），北洋政府颁布《崇圣典例》，保留衍圣公爵位，仍由北宗的前清衍圣公孔令贻袭爵，改南宗五经博士孔庆仪为大成至圣先师南宗奉祀官，世袭。1923年冬，孔庆仪去世，其子孔繁豪袭任。国民政府北伐后，孔令贻之子、衍圣公孔德成有感世袭爵位不宜存于民国，遂于1935年主动请求政府撤销爵号。国民政府以为道统不可废，乃改衍圣公作大成至圣先师奉祀官，享特任官的职位及待遇，相当于部长；而孔繁豪仍任大成至圣先师南宗奉祀官，享简任官职位及待遇，约比照司长级，视特任官官阶为低，与孟子“亚圣”、颜子“复圣”、曾子“宗圣”、子思“述圣”奉祀官同等级。1944年10月，孔繁豪去世，无子，乃以其二弟孔繁英长子孔祥楷受封。1949年，孔祥楷未随国民政府迁台，南宗奉祀官世职遂废。
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